Identifikasi dan Karakterisasi Molekuler Gen Parsial Bovine Herpesvirus (BoHV) pada Sapi Aceh.

Abstract

Bovine Herpesvirus (BoHV) adalah anggota keluarga Herpesviridae, merupakan virus yang berperan sebagai patogen pada ternak sapi dan menyebabkan Infectious Bovine Rhinotreacheitis (IBR) yang membawa kerugian ekonomi pada industri peternakan. Infeksi BoHV-1 pada sapi sangat berkaitan dengan kejadian abortus, penyakit pernafasan, penurunan produksi susu, infertilitas, dan penurunan bobot lahir. Tujuan penelitian ini difokuskan pada identifikasi dan karakterisasi molekuler BoHV-1 dan tipe lainnya, serta kemungkinan adanya anggota keluarga Herpesviridae lainnya dengan menggunakan konsensus PCR dalam mengamplifikasi gen DNA Polymerase dan gen DNA Terminase. Empat belas dari 210 sampel usapan hidung yang diuji menggunakan PCR menunjukkan hasil positif terhadap herpesvirus yang terdiri atas10 sampel positif PCR pada gen DNA Polymerase dan 4 sampel positif PCR pada gen DNA Terminase. Karakterisasi lebih lanjut terhadap sekuen sampel menunjukkan hasil identitas 99–100% terhadap sekuen referensi yaitu BoHV-1, BoHV-4, BoHV-6, Bat herpesvirus dan PLHV-1. Jarak genetik antar genus (between genera) kelompok yang dianalisis adalah 0.477–0.603 sedangkan jarak genetik dalam genus (within genera) adalah 0.001–0.227. Berdasarkan analisis pohon filogenetik gen DNA Polymerase menunjukkan bahwa sekuen yang dianalisis berkelompok menjadi 3 genus, yaitu genus Varicellovirus yang identik terhadap BoHV-1, genus Radhinovirus yang identik terhadap BoHV-4 dan genus Macavirus yang identik terhadap Bat herpesvirus dan PLHV-1. Pada gen DNA Terminase menunjukkan bahwa sekuen yang dianalisis berkelompok menjadi 2 genus, yaitu genus Varicellovirus yang identik terhadap BoHV-1 dan genus Macavirus yang identik terhadap BoHV-6. Hasil penelitian ini memberikan informasi ilmiah tentang karakteristik molekuler anggota keluarga Herpesviridae khususnya BoHV yang beredar di Indonesia secara umum dan khususnya di sentra peternakan yang ada di provinsi Aceh.