Keragaman Gen Capn1, Capn3 Dan Cast Serta Asosiasinya Terhadap Bagian-Bagian Karkas Dan Kualitas Daging Pada Ayam Kampung

Abstract

Ayam lokal merupakan salah satu ternak lokal yang berpotensi untuk dikembangkan sebagai sumber penghasil daging di Indonesia. Ayam lokal memiliki keunggulan mampu beradaptasi pada lingkungan tropis serta memiliki sistem imun yang kuat namun kelemahannya yaitu laju pertumbuhan yang lambat. Perkembangan teknologi molekuler dapat dimanfaatkan sebagai salah satu metode seleksi berbasis Marker Assissted Selection (MAS) yang diperoleh melalui identifikasi gen-gen utama yang mengontrol sifat kualitas daging pada ayam seperti gen kalpain1 (CAPN1), kalpain3 (CAPN3) dan kalpastatin (CAST). Penelitian ini bertujuan menganalisis keragaman gen CAPN1, CAPN3 dan CAST pada beberapa jenis ayam dan memahami hubungan keragaman gen-gen tersebut dengan bobot bagian-bagian karkas dan kualitas pada ayam kampung. Penelitian dilakukan 2 tahap yaitu identifikasi SNP gen CAPN1, CAPN3 dan CAST pada beberapa jenis ayam serta asosiasi SNP terhadap bagian karkas, otot dan kualitas daging pada ayam kampung. Ayam yang digunakan sebagai sumber DNA untuk analisis keragaman yaitu ayam kampung, pelung, sentul, nunukan, merawang, ras pedaging, persilangan kampung dengan ras pedaging. Ayam kampung yang digunakan untuk analisis asosiasi sebanyak 59 ekor umur 3 bulan dan 46 ekor umur 6 bulan. Penentuan SNP dilakukan dengan menggunakan program BioEdit. Genotyping dilakukan menggunakan metode pensejajaran dan peurunutan yang dilakukan pada program Mega6. Analisis data yang dilakukan yaitu frekeunsi genotipe, frekuensi alel, heterozigositas, keseimbangan Hardy-Weinberg dan asosiasi data genotipe dengan fenotipe ayam kampung menggunakan GLM (General Linear Model). Gen CAPN1 yang diamati ditemukan 15 SNP yaitu g.10394C>T, g.10408G>C, g.10527G>T, g.10541C>T, g.10549G>A, g.10551A>T, g.10568C>G, g.10574C>T, g.10579G>T, g.10580G>T, g.10608A>C, g.10609C>T, g.10610G>A, g.10612T>G dan g.10632C>T. Pada gen CAPN3 ditemukan 2 SNP yaitu g.12831C>A dan g.12888T>C. Pada gen CAST ditemukan 1 SNP yaitu g.42988G>T. SNP yang ditemukan pada gen CAPN1, CAPN3 dan CAST bersifat polimorfik. Keragaman SNP g.10541C>T gen CAPN1 ditemukan berasosiasi dengan persentase dada dan persentase paha atas pada ayam kampung betina umur 3 bulan. Pada gen CAPN3 tidak ditemukan SNP yang berasosiasi dengan bobot bagian-bagian karkas, bobot otot, persentase bagian-bagian karkas, persentase otot kualitas daging. SNP yang berasosiasi signifikan berpotensi untuk digunakan sebagai Marked Assisted Selection (MAS) pada ayam kampung.