Please use this identifier to cite or link to this item: http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/85373
Title: Simulasi Refolding Protein 2PTL menggunakan Not Just Another Molecular Dynamics Program (Namd).
Authors: Sumaryada, Tony Ibnu
Wahyudi, Setyanto Tri
Fitriani, Nurika
Issue Date: 2016
Publisher: Bogor Agricultral University (IPB)
Abstract: Memahami bagaimana proses unfolding dan refolding protein masih menjadi tantangan utama dalam ilmu kehidupan. Salah satu protein yang dapat diamati yaitu protein 2PTL. Protein 2PTL membantu Peptostreptococcus magnus menghindari pertahanan inang melalui sifat pengikatan protein melalui interaksi rantai ringan kappa. Pada penelitian ini dilakukan simulasi dinamika molekul untuk protein 2PTL pada temperatur 500K selama 15 ns untuk simulasi unfolding dan temperatur 200K selama 30 ns untuk simulasi refolding. Dari penelitian ini diperoleh proses unfolding terjadi pada waktu 6.5 ns. Secara geometri, hasil analisis RMSD pada 500K meningkat hingga 7.059Å dan pada 200K mengalami penurunan sebesar 2.683Å. Tingkat kemiripan asam amino proses unfolding dengan struktur native sebesar 36.78%. Setelah dilakukan proses refolding pada 200K dilakukan juga pengecekan tingkat kemiripan asam amino dengan struktur native sebesar 62.264%.
URI: http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/85373
Appears in Collections:UT - Computer Science

Files in This Item:
File SizeFormat 
G16fi.pdf
  Restricted Access
1.02 MBAdobe PDFView/Open


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.