Deteksi dan Identifikasi Aphelenchoides besseyi Christie pada Lima Varietas Padi dengan Polymerase Chain Reaction (PCR)

Abstract

Aphelenchoides besseyi Christie merupakan nematoda parasit tumbuhan penting pada padi dan menyebabkan kehilangan hasil hingga 54%. A. besseyi dapat bertahan selama delapan bulan hingga tiga tahun setelah panen dan dapat ditularkan melalui benih. Informasi mengenai nematoda A. besseyi di Indonesia masih sangat terbatas. Penelitian ini bertujuan mengetahui tingkat infeksi nematoda A. besseyi pada benih padi dari lima varietas, yaitu Pak Tiwi 1, IR64, Ciherang, IPB 3S, dan SL 8 SHS dan mengidentifikasi A. besseyi secara morfologi dan molekuler dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). Lima gram benih dari setiap varietas diekstraksi dengan menggunakan metode Baermann yang telah dimodifikasi. Identifikasi secara morfologi dilakukan dengan pengamatan preparat semipermanen nematoda dewasa. Identifikasi molekuler dengan PCR terdiri dari beberapa tahap, yaitu ekstraksi, amplifikasi, dan elektroforesis DNA. Amplifikasi DNA menggunakan pasangan primer spesifik untuk mengamplifikasi ITS 1 dan 2. Hasil pengamatan menunjukkan bahwa A. besseyi didapatkan pada lima varietas dengan jumlah individu nematoda yang berbeda-beda. Jumlah nematoda tertinggi didapatkan pada varietas Pak Tiwi 1 dan jumlah terendah didapatkan pada IR64. A. besseyi memiliki ciri khas yang dapat dibedakan dengan nematoda lain, seperti mukro. Amplifikasi DNA nematoda menunjukkan hasil positif dengan ukuran fragmen DNA sekitar 830 bp. Hasil tersebut membuktikan bahwa nematoda yang didapatkan pada kelima varietas adalah A. besseyi.