Sekuen Parsial Gen Ospin1a Dari Padi Hawara Bunar Dan Mutannya

Abstract

Padi varietas Hawara Bunar merupakan padi toleran aluminium (Al) dan telah dihasilkan mutan padi Hawara Bunar dengan sifat sensitif Al. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan sekuen parsial dari gen OsPIN1a pada padi Hawara Bunar dan mutan Hawara Bunar. Metode penelitian yang dilakukan ialah perlakuan cekaman Al 15 ppm pada kecambah padi varietas Hawara Bunar dan mutannya di media kultur hara minimum pH 4. Analisis sifat toleransi terhadap cekaman Al diukur berdasarkan nilai Root Re-Growth Relative (RGR). Isolasi DNA dilakukan dengan metode cetyltrimethylammonium bromide (CTAB). Amplifikasi DNA menggunakan tiga pasang primer yang didesain dari gen OsPIN1a dari padi. Hasil PCR disekuen menggunakan jasa Macrogen Sequencing Services. Hasil penelitian menunjukkan panjang sekuen parsial gen OsPIN1a dari Hawara Bunar dan mutannya yang meliputi intron 2, ekson 3, intron 3, dan sebagian ekson 4 berturut-turut ialah 293 pb dan 291 pb. Sebanyak 18 mutasi nukleotida ditemukan pada sekuen tersebut, tetapi hanya 6 mutasi terdapat pada ekson 3. Perubahan nukleotida tersebut mengubah asam amino ke-483 dari valin ke alanin tetapi tidak mengubah struktur protein yang dibentuk. Asam amino yang berubah mungkin telah membuat gen OsPIN1a mutan tidak berfungsi normal.