Isolasi Dan Determinasi Patotipe Molekuler Virus Newcastle Disease : Kajian Lapang Di Wilayah Jawa Timur

Abstract

Newcastle disease adalah penyakit yang disebabkan oleh virus dan dapat menyebabkan infeksi sistemik hingga kematian pada unggas. Isolasi virus berhasil diperoleh di berbagai wilayah di Indonesia dan menjadi endemik di berbagai negara berkembang. Virus ini dilaporkan menyebabkan 14 000 kasus unggas terinfeksi di Jawa Timur pada tahun 2011. Tujuan penelitian ini adalah mengkaji keberadaan dan determinasi patotipe secara molekuler virus Newcastle disease di wilayah Jawa Timur. Sampel usapan kloaka sebanyak 289 diambil dari unggas (ayam dan bebek) pekarangan, peternakan, pengepul, dan pasar unggas di Probolinggo, Situbondo, dan Bondowoso. Sampel dipool dengan setiap pool terdiri dari 5-7 individu berdasarkan jenis unggas dan lokasi pengambilan sampel sehingga didapatkan total pool sebanyak 56 pool. Sampel pool diinokulasi pada telur ayam berembrio SPF dan dilanjutkan dengan Real Time Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (rRT-PCR) matrix (M). Sampel positif, kemudian diuji kembali secara individu dengan diinokulasi kembali pada telur ayam berembrio SPF. Karakterisasi patotipe isolat dilakukan dengan rRT-PCR Fusion (F), uji hemagglutination inhibition (HI), uji waktu elusi, dan sekuensing gen F untuk melihat motif cleavage site. Hasil menunjukkan 6 dari 56 pool terdeteksi positif VND. Enam pool positif terdiri dari 5 pool dari ayam kampung dan 1 pool dari bebek. Isolasi VND dari individu sampel asal pool positif diperoleh 8 isolat. Semua isolat berasal dari pasar unggas di Probolinggo dan Bondowoso. Delapan isolat individu yang terdeteksi positif VND dengan primer matrix (M). Hasil titer HI dengan menggunakan Komarov berkisar antara 3 – 4 log2, berbeda dengan antiserum B1 menunjukkan variasi lebih rendah yaitu berkisar antara 2 – 4 Log2, sehingga semua isolat memiliki afinitas lebih tinggi terhadap Komarov dan bereaksi positif pada uji rRT-PCR F. Uji waktu elusi menunjukkan bahwa 7 isolat termasuk ke dalam velogenik dan 1 isolat termasuk mesogenik. Sebagai peneguhan dari ketiga uji diatas, analisis sekuen nukleotida menunjukkan motif asam amino multibasic pada cleavage site protein F; tujuh isolat memiliki motif 112RRQKRF117 dan satu isolat 112RRRKRF117. Kedelapan isolat memiliki kesamaan secara karakteristik, akan tetapi isolat IDNSMP-4A memiliki keragaman karakteristik berbeda dilihat dari motif cleavage site pada protein F. Semua isolat diperoleh dari pasar unggas dan tidak menunjukkan gejala secara klinis, sehingga dapat diindikasikan bahwa virus mampu menyebar dengan cepat di area pasar. Hasil penelitian bisa sebagai informasi akurat menjelaskan bahwa perlu ada pengawasan lalu lintas sebagai pencegahan dan pengendalian penyebaran penyakit infeksi VND di pasar unggas.