Analisis Keragaman Genetik Kemangi (Ocimum × Africanum Lour.) Berdasarkan Marka Morfologi Dan Inter-Simple Sequence Repeats.

Abstract

Ocimum × africanum Lour. dikenal sebagai kemangi, merupakan salah satu tanaman indigenous Indonesia yang dimanfaatkan sebagai bumbu masakan dan sayuran. Hingga saat ini spesies tersebut belum dikomersialkan karena masih jauh dari nilai ekonomi yang tinggi, dan budi dayanya masih berada dalam skala rumah tangga. Penelitian untuk mendapatkan informasi keragaman genetik spesies ini dilakukan untuk menghasilkan sejumlah ciri terpilih yang dapat digunakan untuk perbaikan potensi. Keragaman genetik O. × africanum Lour. telah dideskripsi dengan melakukan karakterisasi morfologi dan molekuler. Sampel tanaman yang digunakan berasal dari beberapa lokasi di Indonesia meliputi 33 aksesi O. × africanum Lour. dan 3 aksesi O. basilicum L. sebagai tanaman pembanding. Setiap aksesi dikarakterisasi menggunakan marka morfologi dengan panduan deskriptor UPOV (International Union For the Protection of New Varietas of Plant) dan marka ISSR (Inter-Simple Sequence Repeats) dengan 13 primer. Keserupaan fenetik dianalisis dengan SIMQUAL (Similarity of Qualitative Data) melalui koefisien SM (Simple Matching) menggunakan metode UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmatic Average) pada program NTSYS (Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System) versi 2.11a, analisis komponen utama menggunakan MINITAB release 16, dan struktur genetik di analisis menggunakan GenAlex (Genetic Analysis in Exel). Ocimum × africanum Lour. dan O. basilicum L. bervariasi pada beberapa ciri yaitu tinggi tanaman, pigmen antosianin pada cabang lateral muda dan perbungaan, panjang tangkai daun, ukuran daun, warna daun, bentuk daun, gelombang pada tepi daun, panjang perbungaan, dan waktu berbunga. Dendrogram hasil analisis gugus pada koefisien keserupaan antara 0.39-0.97 secara tegas berhasil memisahkan aksesi O. × africanum Lour. dari spesies pembanding. Pada koefisien keserupaan 0.52 seluruh aksesi membentuk 3 kelompok besar yang terdiri dari 4 sub kelompok. Dua kelompok di antaranya merupakan kelompok dari aksesi O. × africanum Lour. yang dibentuk oleh ciri pigmen antosianin pada cabang lateral muda dan ciri gelombang pada tepi daun. Analisis marka ISSR dengan menggunakan 13 primer berhasil mengamplifikasi 111 pita DNA, dan 108 pita DNA di antaranya bersifat polimorfik. Analisis keserupaan berdasarkan ciri molekuler menghasilkan koefisien keserupaan berkisar antara 0.66-0.97 tetapi tidak memisahkan O. × africanum Lour. dari O. basilicum L. secara tegas. Primer PKBT 10 mampu menghasilkan sebanyak 11 pita polimorfik, sedangkan primer yang menghasilkan pola pita polimorfik paling sedikit adalah primer PKBT 4 dan PKBT 9, masing-masing membentuk 6 pita. Banyaknya jumlah pita DNA hasil amplifikasi tidak berkorelasi dengan tingginya nilai polimorfisme. Marka morfologi dan ISSR tidak mampu menjelaskan pengelompokan aksesi berdasarkan daerah asal sampel. Pengelompokan tersebut dipengaruhi oleh keragaman ciri aksesi di dalam spesies dan didukung oleh hasil analisis komponen utama. Berdasarkan analisis struktur genetik, populasi O. × africanum Lour. menunjukkan bahwa populasi dengan keragaman genetik tertinggi (PLP = 53.91, I= 0.29) adalah populasi Tempuran.