Identifikasi Marka Sts Dan Snp Yang Berasosiasi Dengan Karakter Bronzing Daun Pada Populasi Padi Haploid Ganda

Abstract

Keracunan Fe adalah salah satu faktor pembatas bagi pertumbuhan dan produksi padi di lahan sawah. Penggunaan varietas toleran Fe merupakan salah satu cara yang paling efisien untuk menyelesaikan masalah tersebut. Program pemuliaan varietas toleran Fe dapat dikombinasikan dengan pendekatan kultur antera untuk memproduksi galur padi haploid ganda agar lebih efisien. Untuk membantu seleksi genotipe toleran dalam program pemuliaan tersebut, identifikasi marka molekuler menjadi sangat penting. Identifikasi marka molekuler yang berasosiasi dengan karakter toleran Fe penting dalam pengembangan marka untuk kegiatan marker-assisted selection (MAS). Kegiatan ini dapat dilakukan dengan pengujian fenotipe pada galur uji di lapang berkadar Fe tinggi serta membandingkannya dengan analisis molekuler. Pada penelitian ini analisis molekuler menggunakan marka STS dan SNP. Marka STS digunakan untuk mengidentifikasi gen-gen target terkait karakter toleran Fe dan marka SNP digunakan untuk mencari alel-alel potensial terkait karakter toleran Fe yang tersebar di seluruh kromosom padi. Tingkat toleransi tersebut dilihat dari skor bronzing daun. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi marka STS dan SNP yang berasosiasi dengan karakter bronzing daun pada populasi padi haploid ganda. Empat puluh lima galur haploid ganda yang berasal dari persilangan resiprok antara IR54/Parekaligolara//Bio110/Markuti dianalisis menggunakan pe-nanda gen; yaitu OsIRT1, OsIRT2, AtIRT1, OsNAS1, OsNAS2, OsNAS3, dan OsFRO2 menggunakan analisis PCR. Analisis SNP menggunakan 384 SNP yang tersebar pada 12 kromosom padi. Evaluasi fenotip dilakukan dengan menanam padi pada lahan berkadar Fe 750 ppm di KP Taman Bogo, Lampung. Pengamatan respon fenotipe di lapangan menunjukkan bahwa baik galur tetua maupun galur haploid ganda memiliki variasi dalam tingkat toleransi keracunan Fe yang dilihat dari skor bronzing daun. Hasil evaluasi fenotipe pada galur haploid ganda menunjukkan bahwa 12 galur toleran keracunan Fe dan 33 galur menunjukkan respon medium toleran. Evaluasi genotipe menggunakan marka STS menunjukkan DNA yang polimorfik. Amplifikasi DNA dengan PCR menunjukkan ukuran pita DNA yang berbeda antara tanaman yang toleran (Mahsuri) dan tanaman sensitif (IR64). Asosiasi antara marka STS dengan respon fenotipe menunjukkan ada 3 marka berasosiasi dengan respon bronzing daun (P_value> 0.05). Marka tersebut adalah OsIRT1, OsIRT2, dan OsFRO2. Evaluasi genotipe menggunakan Iscan pada 384 SNP menunjukkan bahwa masih terdapat alel heterozigot pada galur haploid ganda. Marka SNP yang berasosiasi dengan bronzing daun adalah TBGI204006, TBGI310247, id9006377, Dan id10000498.