Isolasi Dan Karakterisasi Gen Pembungaan Pada Kelapa Sawit (Elaeis Guineensis Jacq.).

Abstract

Ukuran tandan yang direpresentasikan dengan jumlah buah menjadi parameter utama pada produksi kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.). Jumlah buah dapat ditentukan pada fase awal perkembangan bunga yang dipengaruhi oleh berbagai faktor, termasuk properti genetik pohon. Jumlah buah yang tinggi diperoleh dari pohon yang mempunyai proporsi bunga betina lebih tinggi. Keberadaan gen MADS-box berperan penting pada penentuan identitas bunga jantan dan betina kelapa sawit. Gen SQUAMOSA (SQUA), gen GLOBOSA (GLO) dan gen DEFICIENS (DEF) termasuk dalam famili besar gen MADS-box yang berperan terhadap perkembangan sepal, petal dan stamen. Tujuan penelitian ini adalah menganalisis metode isolasi, mengidentifikasi dan mengkarakterisasi gen yang terkait dengan pembungaan dari kelapa sawit menggunakan teknik PCR. DNA genom bunga jantan dan betina yang diisolasi menggunakan metode CTAB+PVP menghasilkan kuantitas dan kualitas DNA paling baik dibandingkan metode isolasi lainnya. Isolasi DNA genom dari bunga betina lebih efesien dibandingkan dari bunga jantan. DNA genom bunga jantan dari pohon yang mempunyai bunga jantan lebih banyak (P1) dan DNA genom bunga betina dari pohon yang mempunyai bunga betina lebih banyak (P2) diidentifikasi menggunakan tiga primer; BMS, BMG dan BMD. Primer BMS, BMG dan BMD masing-masing menghasilkan produk PCR berukuran 1200 pb; 1200 pb dan 1300 pb; 1200 pb dan 1300 pb pada DNA P1 dan P2. Analisis BLASTn menunjukkan bahwa produk PCR mempunyai homologi yang tinggi dengan gen SQUA1, gen GLO2, DNA repetitive dan pentatricopeptide repeat-containing protein dari kelapa sawit. Analisis posisi ekson dan intron menunjukkan fragmen DNA P1 dan P2 teramplifikasi primer BMS mempunyai dua ekson (ekson 1 dan 2) dan sekuen diantaranya adalah intron. Sekuen fragmen DNA P1 dan P2 teramplifikasi primer BMG mempunyai empat ekson (ekson 1, 2, 3 dan 4) dan sekuen diantaranya adalah intron. Analisis alignment menggunakan APE menunjukkan sekuen fragmen DNA P1 dan P2 yang teramplifikasi primer BMS mempunyai keragaman sekuen pada ekson 1 dan intron. Perbedaan satu nukleotida pada bagian ekson menghasilkan translasi asam amino yang berbeda. Fragmen DNA P1 dan P2 teramplifikasi primer BMG mempunyai keragaman ukuran fragmen dan keragaman sekuen intron. Fragmen DNA terkait pentatricopetide-repeat containing protein hanya terdapat pada P2.