Analisis Filogenetik Beberapa Kerapu Subfamili Epinephelinae (Serranidae) Indo-Pasifik Barat Dari Perairan Indonesia.

Abstract

Kelompok ikan serranid dari subfamili Epinephelinae terdiri atas sekitar 159 spesies yang termasuk dalam 15 genera, umumnya dikenal sebagai ikan kerapu, rockcods, hinds, dan seabasses. Ikan komersial penting ini merupakan ikan penghuni dasar perairan yang dapat ditemukan di daerah perairan tropis maupun subtropis. Sebagian besar spesies ikan ini menghuni habitat terumbu karang, sedangkan sebagian lainnya hidup di muara atau karang berbatu. Kerapu memiliki nilai ekonomi tinggi, namun kalsifikasi dan hubungan evolusi mereka seringkali terkendala oleh jumlah spesies yang luar biasa banyak, distribusi yang luas, serta kurangnya keahlian dalam identifikasi morfologi. Hal ini menyebabkan apapun jenis ikan yang tertangkap di lapangan dari anggota subfamili Epinephelinae seluruhnya disebut sebagai kerapu. Wilayah Indo-Pasifik memiliki jenis ikan kerapu yang paling beragam daripada daerah lain seperti di Atlantik Barat, Atlantik Timur, dan Pasifik Timur. Oleh karena itu perairan Indo-Pasifik menjadi wilayah yang sangat menarik untuk memahami hubungan filogenetik ikan kerapu khususnya di wilayah perairan Indonesia. Dalam penelitian ini, digunakan ruas gen sitokrom oksidase c subunit 1 (CO1) sebagai penanda molekuler untuk menganalisis hubungan antara beberapa jenis kerapu dari wilayah perairan Indonesia. Spesimen diperoleh dari berbagai macam sumber termasuk hasil pancing tradisional, pasar ikan, dan tempat pelelangan ikan dari beberapa titik sampling yaitu Banda Aceh (Sumatera), Luwuk (Sulawesi), Kupang (East Nusa Tenggara), Pangandaran (West Java), Raja Ampat (Papua), Sinjai, and Selayar Island (South Sulawesi). Jaringan yang digunakan sebagai sumber DNA berasal dari otot dorsal, insang, serta sirip. Seluruh sampel jaringan untuk keperluan analisis molekuler disimpan dalam alkohol 95%. Sebanyak 26 urutan sekuen DNA dari 14 spesies kerapu dari wilayah perairan Indonesia yang termasuk ke dalam 5 genera (Anyperodon, Cephalopholis, Epinephelus, Plectropomus, dan Variola) berhasil diperoleh dan dipelajari hubungan kekerabatannya dalam penelitian ini. Beberapa sekuen juga telah didepositkan ke GenBank. Sebuah pohon filogeni yang dibangun menggunakan metode Neighbor-Joining (NJ) (Kimura 2-parameter) berhasil diperoleh berdasarkan runutan parsial gen CO1 dengan menggunakan Haemulon scuderii sebagai outgroup. Kemunculan Anyperodon dalam kelompok Epinephelus menyebabkan kelompok ini menjadi tidak monofiletik. Genus Cephalopholis lebih primitif dibandingkan genus Epinephelus. Plectropomus dan Variola menempati posisi basal dalam pohon filogeni, hal ini memungkinkan keduanya merupakan kelompok yang yang primitif diantara kelompok subfamili Epinephelinae yang lain. Hingga saat ini identifikasi fenotipik terhadap kelompok ikan serranid dilakukan berdasarkan perbedaan pola warna dan beberapa karakter morfologi, seperti jumlah jari-jari keras dan lunak, serta bentuk sirip ekor. Namun identifikasi berdasarkan pola warna dan beberapa karakter morfologi tersebut seringkali terkendala oleh adanya variasi intraspesifik serta perbedaan morfologi yang sangat mencolok pada satu spesies yang sama antara individu yang masih juvenil dengan individu yang telah dewasa sehingga menimbulkan kebingungan dalam penentuan spesies kelompok ikan serranid. Berkaitan dengan hal tersebut, salah satu contoh kasus yang diungkap dalam penelitian ini adalah penentuan spesies dari individu yang masih juvenile pada genus Epinephelus (Epinephelus erythtrurus). Analisis dilakukan dengan mengombinasikan identifikasi secara morfologi dan secara molekuler (CO1). Hasil penelitian ini diharapkan dapat berguna untuk dunia taksonomi dalam memahami analisis hubungan filogenetik antara beberapa jenis kerapu Indo Pasifik Barat di perairan Indonesia.