Identifikasi Keragaman Gen Toll-Like Receptor-4 Ayam Lokal dengan Polymerase Chain Reaction- Restriction Fragment Lenght Polymorphism

Abstract

Gen Toll-like Receptor-4 (TLR4) adalah salah satu gen yang mengontrol ketahanan ayam terhadap Salmonella sp. melalui respons imun non spesifik. Gen tersebut dapat dijadikan sebagai marka genetik pada ayam lokal Indonesia, apabila diketahui keragamannya. Oleh sebab itu tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi keragaman gen TLR4 pada rumpun ayam lokal Indonesia (ayam kampung, persilangan kampung-pelung, ayam sentul dan ayam tolaki), dengan menggunakan teknik Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Lenght Polymorphism (PCR-RFLP). Total sampel yang digunakan ada 136. Tahapan identifikasi meliputi ekstraksi DNA genom, amplifikasi PCR gen TLR4 (220 pb, di exon 2), dan metode RFLP, menggunakan enzim restriksi MscI. Data yang dianalisis meliputi frekuensi alel dan frekuensi genotipe, nilai heterozigositas, dan Polymorphic Informative Content (PIC). Hasil yang diperoleh : gen TLR4|MscI bersifat polimorfik, dengan ditemukan dua alel yaitu alel A dan G serta ditemukan tiga macam genotipe yaitu AA, AG, dan GG. Berdasarkan uji x2 diketahui bahwa gen TLR4|MscI berada dalam keseimbangan Hardy-Weinberg. Nilai Heterozigositas pengamatan berkisar 0,11-0,41, dan Heterozigositas harapan 0,11-0,35. Nilai PIC (0,10-0,29), termasuk kategori rendah sampai sedang. Berdasarkan hasil tersebut gen TLR4|MscI dapat digunakan sebagai penciri genetik untuk sifat ketahanan ayam terhadap infeksi bakteri Salmonella sp. pada ayam lokal Indonesia.