Hubungan Keragaman Gen Hormon Pertumbuhan dengan Pencitraan Ultrasonografi Lemak Perirenal dan Otot Longissimus dorsi pada Kelinci

Abstract

Bangsa kelinci Rex, Satin, Reza (persilangan Rex dan Satin) merupakan bangsa kelinci yang dikembangkan di Balai Penelitian Ternak sebagai plasma nutfah kelinci pedaging di Indonesia. Adanya seleksi dan persilangan yang dilakukan terhadap kelinci dengan potensi daging serta pelt - fur selama ini hanya dilihat dari aspek fenotipik meliputi performa dan produktivitas, sedangkan aspek genetik (gen) belum pernah dilakukan. Identifikasi gen yang berhubungan dengan sifat ekonomis sangat diperlukan untuk perbaikan dan perkembangan kualitas genetik kelinci. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman gen hormon pertumbuhan (GH) pada tiga bangsa kelinci yaitu Rex, Satin dan Reza, yang selanjutnya dihubungkan dengan pencitraan ultrasonografi dari citra ketebalan otot Longissimus dorsi dan lemak perirenal. Identifikasi keragaman gen GH menggunakan teknik PCR-RFLP dari 33 sampel darah kelinci jantan dewasa di Balai Penelitian Ternak (BALITNAK) dan dilakukan sekuensing pada sampel dengan genotipe yang berbeda. Primer gen GH yang digunakan dengan runutan primer forward: 5’- GTA TAG TGG GAT GGG GTT GG -3’, primer reverse: 5’- TTA CGC TCC CAT TCA GAA GC -3’ (nomor akses GenBank Z28137). Produk PCR dari fragmen gen GH (231 pasang basa (pb)) dipotong dengan enzim pemotong Bsh1236I. Ketebalan otot Longissimus dorsi dan lemak perirenal dicitrakan dan diukur menggunakan alat ultrasonografi yang dilengkapi oleh transduser mikro-convex dengan frekuensi 7.5 MHz pada posisi lumbar vertebrae ke 2 hingga ke 3 pada sisi kiri tubuh. Analisis data PCR-RFLP dilakukan dengan menghitung frekuensi genotipe dan frekuensi alel. Hubungan antara data fenotipik terhadap setiap bangsa kelinci serta hubungan antara data keragaman gen GH|Bsh1236I terhadap peubah tebal lemak perirenal dan otot Longissimus dorsi dianalisis menggunakan metode General Linear Model (GLM). Perhitungan koefisien korelasi digunakan untuk menemukan hubungan antara peubah bobot badan dan hasil pencitraan ultrasonografi dari ketebalan lemak perirenal dan otot Longissimus dorsi. Pola PCR-RFLP yang dihasilkan yaitu: alel T dihasilkan dari fragmen yang tidak terpotong dengan posisi 231 pb; alel C dihasilkan dari fragmen 169 pb dan 62 pb. Hasil menunjukkan bahwa gen GH|Bsh1236I memiliki tiga genotipe yaitu CC, CT, dan CT. Analisis sekuensing pada sampel hasil PCR genotipe CC dan TT yang dibandingkan dengan GenBank menunjukkan keberadaan adanya mutasi pada basa C menjadi T. Frekuensi genotipe CC yang paling tinggi ditemukan pada kelinci Rex dan frekuensi genotipe CT paling tinggi ada pada kelinci Satin. Kelinci Reza yang merupakan persilangan kelinci Rex dan Satin memiliki frekuensi genotipe TT yang paling tinggi. Berdasarkan frekuensi alel yang diukur, alel C memiliki frekuensi yang cukup tinggi pada sebagian besar bangsa kelinci termasuk bangsa kelinci yang diteliti. Bangsa kelinci berpengaruh terhadap pencitraan USG ketebalan otot Longissimus dorsi. Kelinci Satin memiliki otot Longissimus dorsi yang lebih tebal dari Rex dan Reza. Ketebalan lemak perirenal tidak dipengaruhi oleh bangsa kelinci. Hubungan polimorfisme gen GH|Bsh1236I tidak berpengaruh nyata terhadap hasil pencitraan USG ketebalan lemak perirenal dan otot Longissimus dorsi, namun keragaman gen GH|Bsh1236I memiliki potensi untuk dijadikan marker assisted selection (MAS)