Pengelompokkan Tanaman Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq) Asal Jawa Barat Berdasarkan Simple Sequence Repeat (SSR) Marker

Abstract

The main problems in Indonesian palm oil plantation are the low productivity and low quality of palm trees. Some palm trees (Elaeis guineensis Jacq) population that are still unidentified and still survive since Netherland Colonialsm era are presumed to be resistant to Ganoderma sp. that potentially can be used as new varieties in plant improvement to increase productivity. The conventional palm tree selection takes so much time. Molecular technique is a quick, precise, and accurate solution. Simple Sequence Repeat (SSR) marker was conducted to obtain genetic information on this research that aims to classify 58 unidentified palm trees as the basic information to look for new and good quality breeders. The research methodology begins with DNA isolation, quantitative and qualitative DNA test, determination of the annealing temperature, DNA amplification until construction of the phylogenetic tree by UPGMA (Unweighted Pair Group Method Arithmatic mean) method in NTSYS. The result showed that the isolated DNA were about 12000 bp in size with a clear and bright band. The DNA amplification generated 859 allels from 6 loccus. All allels showed high polymorphism (93%), dominated with heterozygot allels rather than the homozygot ones. The precentage of similarity coefficient among each individuals in the population ranged from 42% to 98%. The genetic similarity coefficient of 65% was able to divide the palm population into two big groups. The high genetic similarity coefficient value would result in the more specific group.

Permasalahan utama yang dihadapi di perkebunan kelapa sawit Indonesia adalah masih rendahnya produktivitas dan kualitas kelapa sawit. Adanya populasi kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq) yang belum diketahui identitasnya dan masih bertahan sejak zaman penjajahan Belanda diduga memiliki ketahanan terhadap serangan Ganoderma sp sehingga dapat digunakan sebagai indukan baru dalam pemuliaan tanaman untuk peningkatan produktivitas. Seleksi kelapa sawit melalui perakitan varietas unggul secara konvensional memerlukan waktu yang sangat lama. Teknik molekuler merupakan solusi yang tepat, cepat, dan akurat. Simple Sequence Repeat (SSR) marker digunakan untuk memperoleh informasi genetik pada penelitian yang bertujuan untuk mengelompokkan 58 pohon kelapa sawit yang belum teridentifikasi sebagai informasi awal untuk mencari indukan baru yang berkualitas. Tahapan penelitian dimulai dari isolasi DNA, uji kuantitatif dan kualitatif DNA, penentuan suhu annealing, amplifikasi DNA, hingga konstruksi pohon filogenetik menggunakan metode UPGMA (Unweighted Pair Group Method Arithmatic mean) dengan software NTSYS. DNA hasil isolasi berukuran 12000 bp dengan kualitas pita yang jelas dan terang. Amplifikasi DNA menghasilkan 859 alel dari 6 lokus. Keseluruhan alel menunjukkan polimorfisme yang cukup tinggi yaitu 93% dengan alel heterozigot lebih mendominasi daripada alel homozigot. Antara individu dalam populasi mempunyai nilai koefisien kemiripan bervariasi antara 42%-98%. Seluruh individu dalam populasi kelapa sawit dapat dikelompokkan menjadi dua kelompok besar pada nilai koefisien kemiripan sebesar 65%. Semakin tinggi nilai koefisien kemiripannya maka semakin spesifik pengelompokkan yang terjadi.