Identifikasi Keragaman DNA Mikrosatelit Lokus ILSTS028, ILSTS052 dan ILSTS056 pada Sapi Katingan di Kalimantan Tengah

Abstract

This study aimed to determine the genetic diversity of Katingan cattle population in Central Kalimantan by DNA microsatellite markers ILSTS028, ILSTS052 and ILSTS056 loci. The 70 blood samples used in this study originated from three subpopulation of Pendahara sub populations (26 samples), Buntut Bali (13 samples) and Tumbang Lahang (31 samples), and other samples were Bali cattle (11 samples), Madura cattle (1 sample), Limousin cattle (3 samples) and PO cattle (6 samples). The amplification of microsatellite DNA marker was done by PCR (Polymerase Chain Reaction). The PCR product was then electrophoresed using 6% polyacrilamide gel followed by silver staining. The data was analyzed to get allele frequency, genotype frequency and heterozygosity value. Microsatellite DNA of loci showed high polymorphisms. ILSTS028 locus had 20 alleles in Katingan cattle with the highest allele frequency was allele H (0.1691) in Tumbang Lahang population and the lowest allele C, D, E and K (0.0167) in Tumbang Lahang population. The highest allele frequency of Bali, PO, Limousin and Madura cattle was alleles H and R in Madura cattle (0.5000). The lowest allele frequency was alleles I, K and L (0.0455) in Bali cattle. ILSTS052 locus had 13 alleles in Katingan cattle with the highest allele frequency was allele C (0.5000) in Buntut Bali populations and lowest allele G, H, J, M and N (0.0208) in Pendahara population. Allele B had the highest frequency in Limousin cattle (1.0000) and alleles E and I the lowest frequency in Bali cattle (0.0455). ILSTS056 locus had 19 alleles in Katingan cattle with the highest allele frequency was allele M (0.2692) in Buntut Bali population and the lowest is allele B, O, Q and U (0.0167) in Tumbang Lahang population. Alleles D and I in Limuosin cattle and alleles A and D in Madura cattle had the highest frequency (0.5000) and alleles D, L and M the lowest frequency in Bali cattle (0.0455). The heterozygosity value from ILSTS028, ILSTS052 and ILSTS056 locus of Katingan cattle with the others cattle were 0.989, 0.629 and 1.000, respectively.

Sapi Katingan adalah salah satu jenis sapi lokal yang terdapat di Kalimantan Tengah dan sudah beradaptasi dengan lingkungan sekitarnya. Sapi Katingan umumnya dipelihara oleh suku Dayak dan hidup disepanjang daerah aliran sungai Katingan. Informasi sapi Katingan saat ini sangat terbatas, sehinga dilakukan strategi pelestarian dan pengembangan sapi Katingan di Kalimantan Tengah. Sapi Katingan bukan hanya mempunyai nilai kultural yang tinggi, selain itu juga memiliki peranan terhadap pendapatan keluarga yaitu sebesar 18-28%, terbesar kedua setelah komoditas karet. Tujuan penelitian ini yaitu untuk mengidentifikasi keragaman genetik sapi lokal di Kalimantan Tengah dengan menggunakan penanda molekuler DNA mikrosatelit yang menggunakan lokus ILSTS028, ILSTS052 dan ILSTS056. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika dan Molekuler Ternak selama tujuh bulan, mulai Oktober 2010 sampai Mei 2011. Sampel darah sapi Katingan yang digunakan sebanyak 70 unit yang berasal dari tiga Kecamatan di daerah aliran sungai Katingan, Kalimantan Tengah yaitu Kelurahan Pendahara (Kecamatan Tewah Sanggalang Garing) sebanyak 21 ekor, Desa Buntut Bali (Kecamatan Pulau Malan) sebanyak 18 ekor, dan Desa Tumbang Lahang (Kecamatan Katingan Tengah) sebanyak 31 ekor serta sampel darah sapi Bali, Madura, PO dan Limousin masing-masing sebanyak 11, 1, 6 dan 3 sampel. Amplifikasi DNA dilakukan dengan tiga macam primer yaitu ILSTS028, ILSTS052 dan ILSTS056 dengan masing-masing suhu annealing ILSTS028 dan ILSTS052 adalah 55 0C, dan suhu annealing ILSTS056 adalah 60 0C. Data dianalisis berdasarkan jumlah alel, frekuensi alel dan heterozigositas. Hasil analisis menunjukkan bahwa lokus ILSTS028 menghasilkan 20 alel (A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S dan T), lokus ILSTS052 menghasilkan 13 alel (A, B, C, D, E, F, G, H, J, K, L, M dan N), dan lokus ILSTS056 menghasilkan 19 alel (A, B, C, D, E, F, G, H, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, T dan U). Nilai heterozigositas lokus ILSTS028 pada populasi Buntut Bali dan Pendahara bernilai (ĥ)=1,00 sedangkan nilai heterozigositas pada populasi Tumbang Lahang bernilai (ĥ)=0,96. Nilai heterozigositas lokus ILSTS052 pada populasi Buntut Bali bernilai (ĥ)=0,54, pada populasi Pendahara bernilai (ĥ)=0,67 dan pada populasi Tumbang Lahang bernilai (ĥ)=0,64. Nilai Heterozigositas lokus ILSTS056 pada ketiga populasi bernilai sama yaitu (ĥ)=1,000; hal ini menunjukkan bahwa keragaman genetik pada ketiga populasi tersebut sangat tinggi. Nilai rataan heterozigositas pada ketiga lokus sebesar (Ĥ)= 0,873.