Identifikasi tommato infectious chlorosis virus dan tommato chlorosis virus melalui reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) dan sikuen nukleotida

Abstract

Tomato Infectious Chlorosis Virus (TICV) dan Tomato Chlorosis Virus (ToCV) beberapa tahun ini dilaporkan mulai masuk dan menyerang sejumlah pertanaman tomat di Indonesia. TICV dan ToCV merupakan patogen yang berasal dari genus Crinivirus dan famili Closteroviridae. Penyakit yang ditimbulkan oleh TICV dan ToCV ini mempunyai gejala yang hampir sama di lapangan, yaitu menguning pada bagian interveinal daun, bintik-bintik nekrotik kecil, mengeriting, dan gejala lanjutan akan menyebabkan daun tampak berwarna merah kecoklatan. TICV dapat ditularkan oleh Trialeurodes vaporariorum sedangkan ToCV dapat ditularkan oleh Bemisia tabaci biotipe A dan B, Trialeurodes abutilonea, dan T. vaporarium. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi virus-virus yang berasosiasi dengan penyakit klorosis pada tanaman tomat di Indonesia melalui RT-PCR dan sikuen nukleotida. Metode penelitian ini meliputi ekstraksi RNA virus, sintesis cDNA, amplifikasi DNA, visualisasi hasil RT-PCR, sikuen nukleotida dan analisis filogenetika dengan menggunakan program Bioedit V7.0.5, ClustalW, dan Genetyx versi 7. Berdasarkan hasil RT-PCR menggunakan primer spesifik menunjukkan bahwa amplifikasi TICV menghasilkan panjang pita DNA sebesar 417 bp dan ToCV sebesar 360 bp. Sikuen nukleotida produk RT-PCR tersebut memastikan bahwa penyakit klorosis pada tanaman tomat di Indonesia berasosiasi dengan infeksi TICV dan ToCV. Analisis homologi sikuen nukleotida dan filogenetika menunjukkan bahwa isolat TICV asal Indonesia tergabung dalam satu subsub kelompok dengan isolat TICV asal Jepang dan Spanyol. Adapun untuk isolat ToCV asal Indonesia