Analisis komunitas bakteri selam tahapan perkembangan larva udang putih (Litopenaeus vannamei)

Abstract

Sampel untuk analisis diperoleh dari satu siklus produksi di hatchery berupa telur, nauplii, zoea, mysis, dan post larva. T-RFLP dan ARDRA menggunakan marker yang sama, yaitu gen 16S rRNA, tetapi untuk T-RFLP amplifikasi dilakukan dengan primer forward yang dilabel pada ujung 5’ sedangkan untuk ARDRA menggunakan primer yang tidak dilabel. Baik T-RFLP maupun ARDRA menunjukkan bahwa tiap tahapan perkembangan larva memiliki pola sidik ragam komunitas bakteri yang unik. Komunitas bakteri berubah secara dinamis mengikuti perkembangan larva, kecuali pada tahapan yang lebih akhir, di mana sistem imunitas dan pencernaan larva sudah berkembang lebih sempurna. Proses molting menyebabkan komunitas bakteri selalu berubah karena lapisan kitin saluran pencernaan ikut mengelupas dan lapisan yang baru bebas dari bakteri. Berdasarkan analisis keragaman, komunitas bakteri pada mysis atau post larva memiliki tingkat keragaman dan distribusi jenis yang paling tinggi dan merata, sementara komunitas bakteri pada zoea adalah yang terendah keragamannya dan tidak merata. Filotipe yang dominan pada masing-masing tahapan berbeda. Demikian juga terdapat perbedaan antara komunitas bakteri yang berasosiasi dengan larva dan komunitas bakteri di air pemeliharaannya. Jenis yang dominan pada air pemeliharaannya bukan merupakan jenis yang dominan berasosiasi dengan larva. Akan tetapi, beberapa filotipe dapat ditemukan pada keduanya, dan secara bersama-sama filotipe-filotipe ini dalam komunitas memiliki kemelimpahan relatif yang besar dan dominan. Selain air, kemungkinan pakan juga mempengaruhi komposisi komunitas bakteri yang berasosiasi dengan larva.