Studi Keragaman Sumber Daya Genetik Genus Artocarpus Berdasarkan Karakter Morfologi Daun dan Marka SSR

Abstract

Indonesia merupakan salah satu negara megabiodiversitas yang memiliki kekayaan hayati melimpah, termasuk genus Artocarpus yang berperan penting secara ekonomi, ekologi, dan budaya. Beberapa spesies dalam genus Artocarpus menghasilkan buah bernilai gizi tinggi, kayu untuk konstruksi, serta bahan baku industri makanan dan obat. Namun, keragaman Artocarpus menghadapi ancaman serius akibat deforestasi, alih fungsi lahan, dan minimnya upaya konservasi berbasis data ilmiah. Sebagian spesies mulai langka dan sulit ditemukan, sementara data mengenai keragaman genetik dan morfologinya masih terbatas. Kondisi ini menuntut adanya kajian komprehensif untuk mendukung upaya konservasi dan pemuliaan tanaman secara berkelanjutan. Penelitian ini bertujuan memperoleh informasi keragaman genetik Artocarpus berdasarkan karakter morfologi daun dan analisis molekuler menggunakan marka Simple Sequence Repeat (SSR). Penelitian menggunakan sepuluh spesies Artocarpus koleksi Kebun Raya Bogor. Karakterisasi morfologi dilakukan melalui pengukuran sifat kuantitatif dan sifat kualitatif daun secara visual. Analisis molekuler dilakukan menggunakan delapan lokus SSR dengan metode multipleks PCR. Data morfologi dianalisis dengan principal component analysis (PCA) dan klaster hirarki menggunakan koefisien dissimilarity Gower dengan metode Ward, sementara data molekuler dianalisis dengan estimasi parameter genetik dan dendrogram berbasis metode klasterisasi. Hasil pengamatan morfologi menunjukkan variasi signifikan antarspesies, baik dari panjang, lebar, luas daun, panjang petiole, maupun proporsinya. Berdasarkan analisis klaster morfologi terbentuk tiga kelompok utama pada jarak cophenetic 0,60 yang mencerminkan keragaman fenotipik yang tinggi. Analisis molekuler dengan delapan lokus SSR juga menghasilkan tiga klaster pada jarak cophenetic 0,30. Nilai heterozigositas (He) di atas 0,83 dan polymorphic information content (PIC) lebih dari 0,85 menegaskan bahwa marka SSR yang digunakan sangat informatif untuk studi keragaman genetik Artocarpus. Lokus MAA145 teridentifikasi sebagai penanda terbaik dengan nilai PIC tertinggi dan Fis mendekati nol. Perbedaan pola pengelompokan dendrogram morfologi dan SSR muncul karena perbedaan sifat dasar kedua pendekatan. Karakter morfologi mencerminkan ekspresi gen fungsional, sedangkan SSR mendeteksi variasi DNA berulang pada genom. Keunikan ditemukan pada A. integer koleksi Kebun Raya Bogor yang memiliki morfologi daun berbeda dibandingkan A. integer pada umumnya dan terbukti berbeda secara genetik dari A. integer asal Cijeruk. Integrasi pendekatan morfologi dan molekuler penting untuk memperoleh pemahaman komprehensif mengenai keragaman genetik Artocarpus. Hasil penelitian dapat digunakan sebagai acuan dalam perencanaan konservasi, praktik budidaya, hingga program pemuliaan.