Konstruksi Draft Genom mtDNA Badak Sumatera Dicerorhinus sumatrensis Akurasi Tinggi Menggunakan MGI DNBSEQ G-50

Abstract

Badak sumatera merupakan hewan yang dilindungi, oleh karena itu dilakukannya penelitian genetik untuk mengidentifikasi keragaman dan hubungan genetik pada badak sumatera sebagai langkah menentukan strategi konservasi. Penelitian whole genome sequencing menggunakan platform MGI DNBSEQ-G50 dilakukan untuk memperoleh DNA mitokondria. Hasil data WGS berkualitas tinggi diperoleh sebesar 456.97 juta bacaan dengan jumlah total basa mencapai 45,62 Gb dan nilai Q30 mencapai 93,11%, Q20 mencapai 97,60% dan kandungan GC sebesar 41,39%. Data WGS kemudian dilakukan assembly dengan GetOrganelle dan anotasi gen dengan MitoFish annotator sehingga mitogenom berhasil dirakit berukuran 16.559 bp, melingkar, dan mitogenom menunjukkan keberadaan 13 gen pengkode protein, 22 tRNA,2 rRNA dan D-Loop. Analisis hubungan genetik antar spesies badak sumatera dengan badak lainnya dilihat dari pohon filogenetik metode neighbor-joining (NJ) dan Mean Pairwise Distance (MPD) menggunakan gen ND4L dan cytochrome b menunjukkan hasil bahwa badak sumatera berkerabat dekat dengan membentuk satu klade dan memiliki nilai rata-rata perbedaan nukleotida (k) terpendek dengan badak purba Stephanorhinus cf. kirchbergensis.

Kata kunci : Dicerorhinus sumatrensis, MGI- DNBSEQ, mtDNA, pohon filogenetik.

The Sumatran rhinoceros, a protected endangered species, is the subject of genetic studies to assess its diversity and kinship, providing a basis for conservation strategies. Whole genome sequencing (WGS) research using the MGI DNBSEQ G-50 platform was conducted to obtain mitochondrial DNA. The results obtained were of high quality, amounting to 456.97 million reads with a total number of bases reaching 45.62 Gb and Q30 score at 93,11%, Q20 score at 97,60%, and GC content value at 41,39%. The mitogenome was successfully assembled using GetOrganelle and MitoFish Annotator measuring with a size of 16,559 bp, circular, and in the mitogenome showed the complete gene presence of 13 protein coding genes, 12 tRNAs, dan 2 rRNA, and a D-Loop. Analysis of genetic relationship between Sumatran rhino and other rhinos seen from the phylogenetic tree using the neighbor-joining (NJ) and mean pairwise distance methods using the ND4L and cytochrome B genes shows that Sumatran rhinos are closely related by forming one clade and have the sorthest average nucleotide difference (k) value with the ancient Stephanorhinus cf. kirchbergensis.

Keywords: Dicerorhinus sumatrensis, MGI-DNBSEQ, mtDNA, phylogenetic tree