Identifikasi Morfologi dan Molekuler Spesies Pratylenchus serta Inventarisasi Nematoda Parasit Tumbuhan pada Tanaman Kopi di Provinsi Bengkulu

Abstract

Kopi (Coffea sp.) merupakan salah satu komoditas perkebunan utama Indonesia, yang menempatkan negara ini sebagai produsen terbesar kedua di kawasan Asia dan Oceania. Nematoda parasit tumbuhan merupakan patogen penting yang berkontribusi terhadap penurunan produksi kopi secara signifikan. Namun, penelitian mengenai nematoda ini di Provinsi Bengkulu masih terbatas. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies Pratylenchus menggunakan metode morfologi dan molekuler, serta menginventarisasi nematoda parasit tumbuhan pada tanaman kopi di Kabupaten Kepahiang dan Rejang Lebong. Sampel tanah dan akar dikumpulkan melalui metode diagnostik pada tanaman sehat, tanaman sakit, dan tanaman antara sehat dan sakit. Sampling individu tanaman diambil pada lingkaran tajuk dengan pola bintang. Nematoda diekstraksi menggunakan teknik flotasi sentrifugasi untuk sampel tanah dan pengabutan untuk sampel akar. Identifikasi spesies Pratylenchus dilakukan dengan identifikasi morfologi dan molekuler. Identifikasi molekuler dilakukan melalui ekstraksi DNA, amplifikasi PCR menggunakan primer D2A-D3B, elektroforesis, dan analisis sekuensing. Delapan genus nematoda, yaitu Criconemoides, Helicotylenchus, Hemicycliophora, Meloidogyne, Pratylenchus, Psilenchus, Radopholus, dan Rotylenchulus berhasil diidentifikasi dalam penelitian ini. Pratylenchus merupakan genus dominan dengan populasi absolut tertinggi, yaitu 51 di tanah dan 129 di akar. Karakterisasi molekuler gen 28S LSU rRNA dari spesies Pratylenchus berhasil dilakukan dengan diperolehnya produk PCR berukuran sekitar 750 pb. Hasil sekuensing menunjukkan kemiripan sebesar 99,7% dengan sekuens Pratylenchus coffeae dari referensi yang terdapat di GenBank.