Deteksi Dan Karakterisasi Virus Hepatitis E Pada Babi Lokal Di Kabupaten Tana Toraja

Abstract

Virus hepatitis E (HEV) merupakan salah satu penyebab utama hepatitis akut di dunia. Sebanyak dua genotipe HEV bersifat zoonotik dan melibatkan babi sebagai reservoir utama. Meskipun prevalensi HEV secara global cukup tinggi, HEV masih terabaikan di Indonesia. Adanya sejarah wabah dan terbatasnya studi HEV di Indonesia mendorong perlunya dilakukan investigasi mengenai virus ini, khususnya di sentra peternakan babi di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi, melakukan karakterisasi molekuler, analisis filogenetik, dan analisis variasi genetik virus hepatitis E pada feses babi lokal di Kabupaten Tana Toraja, Provinsi Sulawesi Selatan. Sampel penelitian yang digunakan berupa sampel feses babi lokal dari 14 peternakan rakyat di Kabupaten Tana Toraja, Provinsi Sulawesi Selatan. Deteksi HEV dilakukan dengan teknik reverse transcription nested-polimerase chain reaction (RT nested-PCR) yang menargetkan amplifikasi gen ORF2 ukuran 348 bp dan gen ORF1 methyltransferase HEV ukuran 459 bp. Sampel positif HEV disekuensing secara parsial dan dilakukan analisis sekuens serta filogenetik menggunakan perangkat bioinformatika. Mutasi pada sekuens gen HEV dianalisis secara in silico untuk memprediksi dampak perubahan mutasi yang terjadi. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa sebanyak 2 dari 14 peternakan babi di Kabupaten Tana Toraja positif HEV. Karakterisasi molekuler dan analisis filogenetik menunjukkan bahwa sampel HEV asal Tana Toraja tergolong ke dalam HEV genotipe 3, subtipe 3b, varian zoonosis. Analisis sekuens menunjukkan bahwa sampel HEV asal Tana Toraja memiliki kemiripan sekuens tertinggi terhadap sampel HEV asal manusia di Jepang. Analisis variasi genetik menunjukkan adanya mutasi langka pada sekuens parsial methyltransferase ORF1 asal Tana Toraja yang menyebabkan mutasi A83T yang pertama kali dilaporkan. Dampak mutasi terhadap fungsi protein yang diekspresikan diprediksi bersifat deleterious. Hasil penelitian ini diharapkan menjadi perhatian bagi pemerintah maupun masyarakat lokal mengenai risiko transmisi HEV dari babi ke manusia. Penelitian ini menunjukkan perlunya investigasi lebih lanjut mengenai epidemiologi HEV di Kabupaten Tana Toraja, Provinsi Sulawesi Selatan.