Kurasi Basis Data Bahan Alam Indonesia dan Analisis Interaksi Agonis Parsial nAChR a4ß2 melalui Ct-AChBP

Abstract

Ketergantungan nikotin terjadi secara utama melalui agonisme-nya dengan reseptor nAChR a4ß2. Tingginya prevalensi merokok di Indonesia memerlukan farmakoterapi dengan bahan alam Indonesia berpotensi sebagai alternatif agonis parsial vareniklin dengan efek samping minimal. Ketiadaan struktur beresolusi tinggi reseptor nAChR a4ß2 menjadikan penelitian menggunakan protein homolog seperti AChBP dari Capitella teleta. Penelitian ini bertujuan menganalisis pola interaksi agonis parsial dengan Ct-AChBP melalui interaction fingerprinting dan kajian literatur untuk mendukung penapisan virtual, serta menyiapkan basis data 3D bahan alam Indonesia terkurasi untuk penapisan virtual. Analisis menunjukkan afinitas agonis parsial pada protein ini terkait interaksi kation-p dan ikatan hidrogen pada residu sisi positif, efikasi berpotensi dipengaruhi mediasi air dan interaksi residu jembatan loop C, serta selektivitas a4ß2/a7 terkait interaksi dengan residu I118, L126, dan I128. Basis data berhasil disusun dengan mengurangi redundansi dan memprioritaskan yang relevan untuk target ini.

Nicotine dependence occurs mainly through its agonism with a4ß2 nAChR receptors. The high prevalence of smoking in Indonesia requires pharmacotherapy with Indonesian natural products as potential alternatives to partial agonist varenicline with minimal side effects. The absence of a high-resolution structure of the nAChR a4ß2 receptor leads to the use of homologous proteins such as AChBP from Capitella teleta. This study aims to analyze the interaction pattern of partial agonists on Ct-AChBP using interaction fingerprinting and literature review to support virtual screening, and prepare a 3D database of curated Indonesian natural products for virtual screening. Analysis showed that the affinity of partial agonists to this protein is related to cation-p interactions and hydrogen bonds on the positive side residues, efficacy potentially influenced by water mediation and C loop bridge residue interactions, and a4ß2/a7 selectivity is related to interactions with residues I118, L126, and I128. The database was successfully compiled by reducing redundancy and prioritizing relevant compounds for this target.