ANALISIS DINAMIKA STRUKTURAL DEHIDROPIPERNONALIN SEBAGAI INHIBITOR POTENSIAL VEGFR2 UNTUK TERAPI KANKER ANTI-ANGIOGENIK

Abstract

Kanker merupakan salah satu penyebab kematian utama di seluruh dunia. Salah satu ciri sel kanker adalah induksi angiogenesis untuk memenuhi kebutuhan nutrisinya. VEGFR2 merupakan reseptor faktor pertumbuhan endotelial yang paling lazim dalam proses pembentukan pembuluh darah baru. Beberapa obat kanker dengan mekanisme anti-angiogenesis telah tersedia di pasaran namun masih memiliki efek samping seperti hipertensi dan telah menghadapi resistensi dari sel kanker yang beradaptasi. Dehidropipernonlin diekstrak dari tanaman rempah lada hitam (Piper nigrum). Mekanisme inhibisi VEGFR2 oleh dehidropipernonalin adalah dengan mengikat loop DFG pada sisi aktif dari domain katalitik tirosin kinase. Simulasi dinamika molekular menunjukkan kompleks dehidropipernonalin- VEGFR2 yang stabil, posisi ligan yang stabil pada sisi aktif protein, pose pengikatan ligan yang memimik hasil studi sebelumnya yang juga sudah diuji secara in vitro, serta energi bebas Gibbs total bernilai negatif untuk delta kompleks dengan ligan dan protein.

Cancer is one of the leading causes of death worldwide. One of the characteristics of cancer cells is the induction of angiogenesis to meet their nutritional needs. VEGFR2 is the most common endothelial growth factor receptor in the process of new blood vessel formation. There have been several cancer drugs with anti-angiogenesis mechanisms on the market but they still have side effects such as hypertension and have faced resistance from cancer cells that adapt. Dehydropipernonaline is extracted from black pepper (Piper nigrum) plants. The mechanism of VEGFR2 inhibition by dehydropipernonaline is by binding to the DFG loop on the active site of the tyrosine kinase catalytic domain. Molecular dynamics simulations show a stable dehydropipernonaline-VEGFR2 complex, a stable ligand position on the active site of the protein, a ligand binding pose that mimics the results of previous studies that have also been tested in vitro, and a negative total Gibbs free energy for the delta complex with ligand and protein.