Deteksi Koinfeksi Streptococcus pneumoniae dan Respiratory syncytial virus pada Anak-anak dengan Infeksi Saluran Pernapasan Akut (ISPA)

Abstract

Infeksi saluran pernapasan akut (ISPA) merupakan salah satu penyebab kematian tertinggi di dunia, terutama pada anak-anak di bawah usia lima tahun. ISPA sering disebabkan oleh infeksi Streptococcus pneumoniae dan Respiratory syncytial virus (RSV), yang dapat menyebabkan koinfeksi dan memperburuk keparahan penyakit. Interaksi antara S. pneumoniae dan RSV diketahui dapat terjadi melalui keterlibatan protein PBP1a milik S. pneumoniae dan attachment glycoprotein G milik RSV (RSV G). Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi adanya koinfeksi S. pneumoniae dan RSV pada anak-anak dengan gejala ISPA serta memprediksi interaksi molekuler antara keduanya secara in silico. Metode yang digunakan meliputi subkultur bakteri S. pneumoniae, uji optochin, semi-nested PCR, Sanger sequencing, molecular docking, dan molecular dynamics. Ditemukan 2 kasus koinfeksi yang menunjukkan keberadaan infeksi S. pneumoniae dan RSV secara bersamaan. Interaksi antara protein PBP1a dari S. pneumoniae dan RSV G bersifat transien, melibatkan residu Asp565, Glu569, dan Arg413 pada PBP1a serta Lys209 dan Glu166 pada RSV G.

Acute respiratory infections (ARI) are one of the leading causes of death worldwide, particularly among children under five years of age. ARI is often caused by infections from Streptococcus pneumoniae and Respiratory syncytial virus (RSV), which can result in co-infection and exacerbate disease severity. The interaction between S. pneumoniae and RSV is known to occur through the involvement of PBP1a protein from S. pneumoniae and attachment glycoprotein G (RSV G) from RSV. This study aims to detect co-infection of S. pneumoniae and RSV in children with ARI symptoms and to predict the molecular interaction between these pathogens in silico. Methods used include subculture of S. pneumoniae, optochin test, semi-nested PCR, Sanger sequencing, molecular docking, and molecular dynamics. Two cases of co-infection were found, showing the simultaneous presence of S. pneumoniae and RSV. The interaction between PBP1a from S. pneumoniae and RSV G is transient, involving residues Asp565, Glu569, and Arg413 on PBP1a, and Lys209 and Glu166 on RSV G.