Analisis Fisiologis dan Karakterisasi Gen 165-rRNA Isolat Bakteri dari Kawasan Bledug Kuwu

Abstract

Bledug Kuwu adalah daerah padang garam dengan salinitas 4-8% (w/v) terletak di Kabupaten Grobogan, Jawa Tengah. Kawasan wisata ini bersifat unik karena fenomena letupan lumpur (bledug) yang muncul dari bawah permukaan bumi. Daerah ini merupakan lingkungan yang potensial untuk mendapatkan spesies baru, terutama yang bersifat halofil. Dalam penelitian ini isolat-isolat Bledug Kuwu yang diperoleh dikarakterisasi sifat morfologi, fisiologi, dan diamati pertumbuhannya pada kisaran kadar garam 0 sampai 25%, kemudian dikarakterisasi gen penyandi 16S rRNAnya dengan metode amplifikasi Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragmen Lengih Polymorphism (PCR-RFLP). Gen penyandi 165-rRNA isolat terpilih disekuen menggunakan Automated DNA Sequence Machine. Sebanyak 10 isolat prokariot halofil berhasil diisolasi dan menunjukkan keragaman morfologi dan fisiologi Pada penentuan waktu generasi dari isolat terpilih (1-04), ternyata semakin tinggi kadar garam Lingkungan semakin lama waktu yang dibutuhkan untuk membelah diri. Isolat ini tumbuh optimal pada kadar garam 0% dan kadar garam tertinggi untuk tumbuh adalah 25%. Analisis gen 16S-rRNA dengan PCR-RFLP menggunakan primer spesifik untuk Domain Bacteria dengan enzim restriksi Cfol (5'GC GC3) menghasilkan lima karakter pola pita berbeda yang menunjukkan adanya keragaman isolat-isolat Bledug Kuwu. Sekuensing 16S-rRNA yang digunakan untuk melihat identitas isolat dilakukan terhadap 695 nukleotida dati isulat 1-04 dan 2-01. Hasil sekuensing kemudian dibandingkan dengan data gen prokariot pada EBI European Bioinformatics Institute) yang menunjukkan bahwa isolat 2-01 memiliki kekerabatan sebesar 97,6% dengan spesies Halomonas elongata; 96, 7% dengan H. eurihalina serta isolat 1-04 sebesar 96,7% dengan H. elongata.