Eksplorasi Diversitas Mikrobiom Tanah Hutan Primer TNRAW Menggunakan PromethION 2 Berbasiskan Metagenomics

Abstract

Indonesia sebagai negara megabiodiversitas, masih sangat terbatas dalam studi mikrobiom tanah hutan primer, khususnya di kawasan Wallacea seperti Taman Nasional Rawa Aopa Watumohai, Sulawesi Tenggara. Penelitian ini bertujuan mengeksplorasi keanekaragaman dan potensi genetik mikrobiom bakteri tanah hutan primer TNRAW menggunakan sekuensing metagenomik PromethION 2. Lima sampel tanah (F1-F5) dianalisis melalui metode ekstraksi DNA, quality control, sekuensing, dan analisis bioinformatika. Konsentrasi DNA sampel berkisar 57–74 ng/µL. Hasil sekuensing menunjukkan sampel F3 memiliki hasil terbaik (total basa 32.488.214 dengan 81.092 reads; N50 88.482 bp). Komunitas bakteri didominasi oleh Vibrionaceae dan Rhizobiaceae. Analisis multivariat (NMDS, heatmap) mengindikasikan perbedaan struktur komunitas antar lokasi, dengan F5 paling unik. Anotasi gen fungsional mengidentifikasi gen kunci (rne, infB_1, ftsH) yang terlibat dalam metabolisme dan adaptasi mikroba tanah. Hasil penelitian ini menegaskan urgensi eksplorasi mikrobiom tanah dalam upaya pengelolaan dan konservasi ekosistem hutan primer.