ANALISIS KERAGAMAN D-LOOP DNA MITOKONDRIA MENCIT RUMAH (Mus musculus castaneus) DI DAERAH JAKARTA, BANDUNG DAN SURABAYA DENGAN PCR-RFLP.

Abstract

DIANA YULIANTI. Analisis Keragaman D-loop DNA Mitokondria Mencit Rumah (Mus musculus castaneus) di Daerah Jakarta, Bandung dan Surabaya dengan PCR-RFLP. Dibimbing oleh DEDY DURYADI SOLIHIN dan RONNY RACHMAN NOOR. Mencit rumah (Mus musculus) termasuk dalam kelas Marmalia, infrakelas Eutheria, ordo Rodentia, subordo Myomorpha dan famili Muridae. Spesies tersebut dalam perkembangannya terbagi menjadi subspesies Mus musculus domesticus, Mus musculus musculus. Mus musculus castaneus dan Mus musculus bactrianus (Silver 1995). Subspesies yang tersebar di Indonesia adalah Mus musculus castaneus (Boeadi et al. 1982). DNA mitokondria (mtDNA) sering digunakan sebagai penanda molekular sebagai salah satu cara untuk mengetahui keragaman genetik. Keragaman genetik mtDNA dapat diketahui dengan menggunakan metode PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction Restriction Fragment Lenght Polymorphism). Sepasang primer yang digunakan adalah CTDF dan CTDR. Sedangkan enzim restriksi yang digunakan adalah Haelli, Alul dan Rsal. Sampel yang digunakan berasal dari Jakarta (10 ekor), Bandung (11 ekor) dan Surabaya (9 ekor) sehingga total sampel menjadi 30 ekor. Dengan menggunakan metode PCR-RFLP ditemukan sembilan haplotipe pada ketiga puluh sampel mencit rumah. Pada populasi Jakarta ditemukan tiga hapllotipe, Bandung tujuh haplotipe dan Surabaya lima haplotipe. Haplotipe lokal ditemukan di populasi Bandung (H-5 dan H-7) dan Surabaya (H-8 dan H-9). H-3 merupakan haplotipe umum yang terdapat di semua populasi.