Presisi Perakitan Genom Bakteri: Peran Sekuensing Hibrid Dengan Platform Oxford Nanopore Technologies Dan Illumina

Abstract

Rava Raisha Putra. “Presisi Perakitan Genom Bakteri: Peran Sekuensing Hibrid dengan Platform Oxford Nanopore Technologies Dan Illumina”. Dibimbing oleh RAHADIAN PRATAMA dan LINDA SUKMARINI. Perakitan genom yang akurat dan kontinu merupakan aspek penting dalam studi genomik bakteri, khususnya Streptomyces yang berpotensi menghasilkan senyawa bioaktif. Penelitian ini bertujuan membandingkan perakitan genom Streptomyces sp. BTA 1-131 dengan metode perakitan hibrid (penggabungan platform Oxford Nanopore Technologies dan Illumina) dan metode Illumina. Hasil menunjukkan bahwa metode hibrid menghasilkan perakitan lebih kontinu dengan 12 kontig (N50 5,2 Mb), sementara Illumina saja menghasilkan 134 kontig (N50 157 kb). Metode hibrid juga lebih baik dalam identifikasi rRNA dan tRNA, serta mengurangi prediksi berlebih coding DNA sequences (CDSs). Analisis resistensi antibiotik mengidentifikasi gen gimA, oleC, vanRO, dan Sris_parY_AMU pada kedua metode, tetapi gen cml hanya ditemukan pada rakitan Illumina saja. Dengan demikian, metode hybrid menghasilkan perakitan genom yang lebih utuh dan berkualitas tinggi.

Rava Raisha Putra. “ Precision in Bacterial Genome Assembly: The Role of Hybrid Sequencing Using Oxford Nanopore Technologies and Illumina Platforms”. Supervised by RAHADIAN PRATAMA and LINDA SUKMARINI. An accurate and continuous genome assembly is essential in bacterial genomics, especially for Streptomyces, which has the potential to produce bioactive compounds. This study compares the genome assembly of Streptomyces sp. BTA 1-131 using a hybrid method (combining Oxford Nanopore Technologies and Illumina platforms) and an Illumina mehod. The hybrid method produced a more continuous assembly with 12 contigs (N50 of 5.2 Mb), while the Illumina method generated 134 contigs (N50 of 157 kb). The hybrid assembly also outperformed in identifying rRNA and tRNA elements and reduced the over-prediction of coding DNA sequences (CDS). Antibiotic resistance analysis identified the gimA, oleC, vanRO, and Sris_parY_AMU genes in both assemblies, but the cml gene was detected only in the Illumina method. Therefore, the hybrid assembly provides a more complete and higher-quality genome reconstruction.