Presensi Virus African Swine Fever pada Daging Babi dan Produk Olahannya Serta Performa Diagnostik Berbasis Molekuler

Abstract

African swine fever (ASF) adalah penyakit viral lintas batas yang sangat menular, menginfeksi babi domestik dan babi liar. African swine fever virus (ASFV/virus ASF) memiliki daya tahan hidup dan stabilitas yang tinggi di lingkungan, mampu bertahan lama pada benda mati seperti pakaian, sepatu, peralatan, alat angkut yang tercemar, atau produk daging dari babi yang terinfeksi. Kemampuan tersebut memungkinkan penyebaran ASFV dengan mudah melintasi batas negara, bahkan antar benua. Pengembangan vaksin untuk ASF saat ini masih dalam penyempurnaan dan belum diaplikasikan secara luas di tingkat global. Pencegahan di negara-negara bebas ASF bergantung pada penerapan kebijakan impor yang ketat dan langkah-langkah biosekuriti, memastikan bahwa baik babi hidup maupun daging babi dan produk yang terinfeksi tidak dimasukkan ke wilayah bebas ASF. African swine fever merupakan ancaman serius bagi peternakan babi di Indonesia, karena penyakit ini belum terkendali dan terus menyebar. Praktik pemberian pakan sisa (swill feeding) mengandung daging babi atau produk olahannya yang terkontaminasi ASFV diduga menjadi salah satu faktor penyebaran ASFV di Indonesia. Namun, informasi terkait deteksi ASFV pada daging babi dan produk olahan di Indonesia masih sangat terbatas dan belum banyak dipublikasikan. Terkait dengan hal tersebut, penelitian ini memiliki tujuan umum untuk memperoleh informasi ilmiah sebagai langkah untuk mendukung pengendalian penyebaran ASF di Indonesia terkait keberadaan dan genotipe ASFV pada daging babi dan produk olahannya serta melakukan evaluasi performa diagnostik metode PCR konvensional deteksi ASFV pada beberapa sampel uji. Terdapat tiga ruang lingkup kajian untuk mencapai tujuan penelitian ini. Kajian pertama bertujuan untuk menentukan presensi ASFV pada daging babi dan produk olahannya yang dilalulintaskan dan melewati pemeriksaan karantina pada kurun waktu 2020 sampai 2022. Hasil analisis data diperoleh persentase daging babi dan produk olahannya yang positif ASFV tercatat sebesar 8,2% (n= 49) pada tahun 2020, 24,8% (n=214) pada 2021, dan 11,8% (n=95) pada 2022. Sepanjang tahun 2020, permintaan uji PCR untuk deteksi ASFV masih rendah karena Balai Uji Standar Karantina Pertanian (BBUSKP) belum ditunjuk sebagai laboratorium pengujian ASFV. Permintaan uji mengalami peningkatan signifikan pada 2021 seiring dengan meluasnya ASF di Indonesia dan persyaratan terkait lalu lintas babi dan produknya. Akan tetapi, sepanjang tahun 2022, permintaan uji kembali menurun karena semakin banyak laboratorium Unit Pelaksana Teknis Karantina Pertanian (UPTKP) yang dapat melakukan deteksi ASFV secara mandiri. Kajian ini merupakan publikasi pertama yang melaporkan presensi atau prevalensi ASFV pada daging babi dan produk olahan di Indonesia. Walaupun data kajian belum sepenuhnya merepresentasikan kondisi sebenarnya di lapangan, informasi ini menguatkan dugaan bahwa daging babi dan produk olahannya berpotensi menjadi media pembawa ASFV, yang dapat berkontribusi terhadap penyebaran penyakit baik antarnegara (internasional) maupun antardaerah (domestik). Kajian kedua bertujuan untuk menentukan genotipe dan kekerabatan ASFV yang terdeteksi pada daging babi serta produk olahannya. Sebanyak 38 sampel arsip daging babi dan produk olahannya, baik lokal maupun impor, yang dikoleksi pada periode 2020–2023, diuji dengan PCR konvensional yang menarget segmen gen B646L (p72), yang merupakan penanda genetik utama dalam penentuan genotipe ASFV. Amplifikasi berhasil diperoleh dari 28 sampel (74%) yang terdiri atas 20 sampel daging beku dan 8 sampel produk olahan. Selanjutnya, tiga sampel positif dipilih untuk diuji lebih lanjut terhadap gen E183L (p54), yang berperan sebagai penanda genetik tambahan dalam mengidentifikasi variasi genotipe (subgenotipe). Sampel yang teridentifikasi positif melalui kedua uji PCR tersebut kemudian ditentukan urutan nukleotida penyusunnya menggunakan metode sekuensing Sanger. Analisis urutan nukleotida gen B646L parsial (250 bp) dan E183L (676 bp) menunjukkan bahwa tiga ASFV yang terdeteksi dalam penelitian ini termasuk dalam genotipe II, dengan kemiripan yang tinggi terhadap isolat referensi asal Indonesia lainnya. Temuan ini semakin memperkuat laporan sebelumnya yang menyatakan bahwa ASFV yang bersirkulasi di Indonesia hingga saat ini masih tergolong genotipe II. Mengingat telah ditemukannya rekombinasi genetik pada ASFV, kajian terhadap gen secara lengkap maupun genom secara menyeluruh yang melibatkan lebih banyak sampel dari berbagai asal sangat diperlukan untuk mendapatkan gambaran diversitas genetik ASFV di Indonesia. Penelitian ketiga bertujuan menilai performa diagnostik uji PCR konvensional untuk deteksi ASFV dengan primer rekomendasi World Organisation for Animal Health (WOAH). Sejumlah 70 sampel diagnostik (darah utuh, swab nasal, swab oral, organ, serta daging babi dan produk olahan) dari BBUSKP, dan Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN) diuji secara paralel dengan metode real-time/quantitative PCR (qPCR) dan PCR konvensional. Hasil uji disajikan dalam bentuk tabel kontingensi 2×2 dan selanjutnya dilakukan perhitungan untuk menentukan kriteria seperti sensitivitas diagnostik/diagnostic sensitivity (Dse), spesifisitas diagnostik/diagnostic spesificity (Dsp), positif sejati/true positive (TP), negatif sejati/true negative (TN), positif palsu/false positive (FP), negatif palsu/false negative (FN), nilai prediksi positif /positive prediction value (PPV), nilai prediksi negatif/negative prediction value (NPV), akurasi, rasio kemungkinan positif/likelihood ratio positive (LR+), rasio kemungkinan negatif/likelihood ratio negative (LR-), serta nilai kesepakatan menggunakan koefisien Cohen’s Kappa. Analisis performa diagnostik metode PCR konvensional pada studi ini menunjukkan bahwa metode ini memiliki sensitivitas yang baik (89%), spesifisitas yang sempurna (100%), serta akurat dan andal sebagai uji biomolekuler deteksi ASFV. Kesepakatan Cohen’s Kappa menunjukkan bahwa kedua uji tersebut konsisten dan dapat saling menggantikan. Namun perlu menjadi catatan, untuk deteksi ASFV untuk tujuan dengan risiko tinggi terhadap penyebaran penyakit, metode yang lebih disarankan tetap qPCR mengingat sensitifitas PCR konvensional berada di bawah 90%. Kajian dengan cakupan yang diperluas masih diperlukan untuk memastikan performa diagnostik dari PCR konvensional.