Karakterisasi Molekuler Gen Polyhedrin dari Spodoptera litura Nucleopolyhedrovirus Isolat Bogor

Abstract

Pengendalian hama pada tanaman masih banyak mengandalkan penggunaan pestisida karena dianggap lebih efisien. Namun, penggunaan pestisida terbukti kurang efektif, tidak praktis, serta tidak ekonomis, dan juga berdampak negatif terhadap lingkungan. Oleh karena itu, pemanfaatan patogen serangga sebagai agen hayati untuk mengendalikan hama terus dikembangkan sebagai alternatif pengganti pestisida. Kurangnya informasi mengenai gen polyhedrin pada Nucleopolyhedrovirus menjadi latar belakang dilakukannya penelitian ini. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakteristik dan susunan gen polyhedrin pada Nucleopolyhedrovirus (NVP). Metode yang digunakan mencakup pengambilan sampel, perancangan primer, ekstraksi, amplifikasi, visualisasi, sekuensing, serta analisis hingga diperoleh hasil yang disajikan dalam makalah ini. Hasil penelitian menunjukkan bahwa primer yang dirancang berhasil mengamplifikasi sekuens DNA dengan panjang sekitar ±760 pb. Secara lengkap, gen DNA SpltNPV memiliki urutan nukleotida sebanyak 747 pb. Analisis kekerabatan menunjukkan bahwa SpltNPV yang berasal dari Bogor memiliki hubungan dekat dengan isolat SpltNPV dari Cina, Jerman, Korea Selatan, Portugal, Prancis, Jepang, Mesir, Kolombia, dan Australia berdasarkan gen DNA polyhedrin. Tingkat homologi tertinggi berdasarkan urutan nukleotida dan asam amino masing masing mencapai 99% dan 100%. Analisis filogenetik berdasarkan urutan nukleotida menunjukkan bahwa SpltNPV asal Bogor berada dalam kelompok yang sama dengan isolat dari negara-negara tersebut. Sementara itu, analisis filogeni berdasarkan asam amino menunjukkan bahwa SpltNPV Bogor memiliki kekerabatan paling dekat dengan SpltNPV asal Cina.

Farmers commonly opt for chemical pesticides to control pests and plant diseases due to their perceived efficiency. However, in the long run, these pesticides have been found to be less effective, practical, and economical, while also contributing to environmental pollution. As an alternative, recent advancements have focused on developing insect pathogens as biological control agents. This study addresses the limited knowledge of the polyhedrin gene in Nucleopolyhedrovirus (NPV), aiming to characterize it and determine its nucleotide sequence. The research methodology included sample collection, primer design, DNA extraction, amplification, visualization, sequencing, and data analysis. The results showed that the designed primers successfully amplified a sequence of approximately 760 bp, while the complete DNA sequence of SpltNPV consists of 747 bp. Phylogenetic analysis of SpltNPV from Bogor, based on the polyhedrin gene, revealed a close relationship with SpltNPV isolates from China, Germany, South Korea, Portugal, France, Japan, Egypt, Colombia, and Australia. The highest homology values for nucleotide and amino acid sequences were 99% and 100%, respectively. Furthermore, phylogenetic analysis based on nucleotide sequences places SpltNPV from Bogor in the same clade as isolates from these countries, while amino acid analysis indicates the closest genetic relationship to SpltNPV from China.