Identifikasi Molekuler Thrips tabaci pada Tanaman Bawang Merah (Allium cepa L. var. aggregatum) asal Brebes (Jawa Tengah), Majalengka (Jawa Barat), dan Solok (Sumatera Barat)

Abstract

Bawang merah merupakan komoditas pertanian bernilai ekonomi tinggi yang banyak dikonsumsi di Indonesia. Salah satu kendala dalam produksinya adalah serangan organisme pengganggu tanaman (OPT), seperti Thrips tabaci (Thysanoptera: Thripidae). T. tabaci memiliki keanekaragaman yang tinggi, sehingga identifikasinya memerlukan pendekatan molekuler. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi karakter genetik dan haplotipe T. tabaci pada bawang merah dari Kabupaten Brebes, Majalengka, dan Solok menggunakan teknik PCR pada gen cytochrome oxidase subunit 1 (COI) dengan primer universal LCOI490 dan HCO2198. Analisis sekuens dilakukan menggunakan algoritma dan program BLAST pada laman National Center for Biotechnology Information (www.ncbi.nlm.nih.gov), dan dilanjutkan dengan analisis homologi, filogenetik serta analisis polimorfisme dengan program SDT dan MEGA 11. Hasil analisis homologi menunjukkan bahwa T. tabaci dari Brebes dan Solok memiliki persentase kemiripan 100% dengan T. tabaci dari Jepang dan Amerika Serikat, sedangkan T. tabaci dari Majalengka memiliki persentase kemiripan 99,85% dengan T. tabaci dari India, Arab Saudi, dan Cina. Analisis homologi menunjukkan bahwa T. tabaci dari Brebes, Majalengka, dan Solok memiliki homologi tinggi yang ditunjukkan dengan persentase kemiripan lebih dari 99%. Analisis polimorfisme menunjukkan bahwa T. tabaci dari Brebes dan Solok termasuk dalam haplotipe 28, sementara T. tabaci dari Majalengka termasuk dalam haplotipe 1.

Shallots are a high-value agricultural commodity that is widely consumed in Indonesia. One of the challenges in its production is the attack by plant pests (OPT), such as Thrips tabaci (Thysanoptera: Thripidae). T. tabaci has high diversity, making its identification require a molecular approach. This study aimed to identify the genetic characteristics and haplotypes of T. tabaci in shallots from Brebes, Majalengka, and Solok using PCR techniques targeting the cytochrome oxidase subunit 1 (COI) gene with universal primers LCOI490 and HCO2198. Sequence analysis was conducted using BLAST algorithmic program available on the National Center for Biotechnology Information website (www.ncbi.nlm.nih.gov), followed by homology, phylogenetic, and polymorphism analysis using SDT and MEGA 11 software. Homology analysis showed that T. tabaci from Brebes and Solok had a 100% similarity percentage with T. tabaci from Japan and the United States, while T. tabaci from Majalengka had a 99.85% similarity percentage with T. tabaci from India, Saudi Arabia, and China. The homology analysis indicated that T. tabaci from Brebes, Majalengka, and Solok exhibited high homology, with more than 99% similarity. Polymorphism analysis showed that T. tabaci from Brebes and Solok belonged to haplotype 28, while T. tabaci from Majalengka belonged to haplotype 1.