Optimasi Metode Ekstraksi DNA untuk Cacing Dewasa Haemonchus contortus

Abstract

Haemonchosis merupakan infeksi cacing gastrointestinal yang disebabkan oleh Haemonchus contortus (H. contortus). Pemeriksaan molekuler berbasis Polymerase Chain Reaction (PCR) memiliki sensitivitas dan spesifisitas yang tinggi sehingga memungkinkan identifikasi H. contortus yang lebih akurat dibandingkan metode diagnosis lainnya. Namun, cacing dewasa H. contortus memiliki struktur tubuh yang kompleks dan kuat sehingga perlu dilakukan optimasi berbagai metode ekstraksi DNA yang efektif agar mendapat hasil PCR yang optimal. Tujuan penelitian ini adalah menguji metode ekstraksi DNA cacing dewasa H. contortus paling optimal untuk identifikasi molekuler. Metode ekstraksi sampel cacing dewasa terdiri atas 3 prosedur perlakuan dengan masing-masing perlakuan dilakukan pada setiap jenis kelamin yang berbeda, yaitu kelompok cacing dewasa jantan dipotong sepanjang 1 mm, cacing dewasa betina dipotong sepanjang 1 mm, cacing dewasa jantan digerus, cacing dewasa betina digerus, cacing dewasa jantan dipanaskan, dan cacing dewasa betina dipanaskan. Ekstraksi DNA cacing dewasa dilakukan dengan mencampurkan lysis solution dan sampel cacing dewasa yang telah diberi perlakuan. Hasil produk PCR yang dibaca dengan elektroforesis menunjukkan gambaran pita DNA paling terang pada perlakuan cacing dewasa yang dipotong sepanjang 1 mm dengan panjang pita DNA sebesar 260 bp. Perlakuan ini juga paling efisien untuk dilakukan karena menggunakan waktu dan tenaga paling minimal dibanding perlakuan lainnya.

Haemonchosis is a gastrointestinal helminth infection caused by Haemonchus contortus (H. contortus). Polymerase Chain Reaction (PCR)-based molecular testing has high sensitivity and specificity, enabling for more accurate identification of H. contortus than other diagnostic methods. However, adult H. contortus worms have a complex and strong body structure, therefore it is necessary to optimize various effective DNA extraction methods to get optimal PCR results. The purpose of this study is to test the most optimal DNA extraction method of adult H. contortus worms for molecular identification. The method of extracting adult worm samples consists of 3 method procedures, and each method applied on both sexes of the worms, there are the group of adult worms cuttes in 1 mm length, the group of adult worms crushed, and the group of adult worms heated. DNA extraction of adult worms was carried out by mixing lysis solution and adult worm samples that had been treated. The results of PCR products read by electrophoresis showed the brightest DNA band in the method of adult worms cuttes in 1 mm length with a DNA band size of 260 bp. This method is also the most efficient processed because it requires the most minimal time and energy compared to other method.