Restriction Fragment length polymorphism (RFLP) gen sitokrom b DNA mitokondria dari sepuluh spesies reptilia Indonesia

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) sepuluh spesies reptilia lokal yang ada di Indonesia berdasarkan fragmen sitokrom b DNA mitokondria. Hasil yang diperoleh dapat digunakan sebagai dasar informasi untuk mengenali spesies reptilia. Sepuluh sampel jaringan reptilia diperoleh di sekitar Bogor dan disimpan dalam larutan NaCl 4,5 M yang mengandung DMSO 25%. DNA diisolasi dengan metode presipitasi amonium asetat. Primer universal sitokrom b L14841/H15149 digunakan untuk amplifikasi fragmen gen sitokrom b dengan menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) yang dilanjutkan dengan elektroforesis. DNA hasil PCR (amplikon) kemudian dipotong dengan menggunakan enzim restriksi endonuklease Alu I (5 U), Rsa I (20 U) dan Hinf I (2,5 U) masing-masing selama 16 jam, 6 jam dan 2 jam. Penghitungan ukuran DNA amplikon dan fragmen hasil pemotongan dilakukan dengan mengukur jarak antara migrasi DNA sampel dengan migrasi marka DNA dalam gel agarose 2%. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sepuluh spesies reptilia lokal mempunyai amplikon yang berukuran 359 pb, namun tidak mempunyai situs restriksi Alu I, Rsa I dan Hinf I; karenanya ketiga enzim restriksi endonuklease tersebut tidak bisa digunakan untuk identifikasi pada amplikon sitokrom b DNA mitokondria….