Analisis Promotor Gen B11 Padi (Oryza sativa L.) cv. Hawara Bunar dan IR64

Abstract

Sifat toleransi tanaman terhadap cekaman Al dikendalikan secara genetik. Gen B11 yang merupakan kandidat gen toleransi terhadap cekaman Al berhasil diisolasi dari padi cv. Hawara Bunar. Gen B11 mengalami tingkat ekspresi pada cv. Hawara Bunar lebih tinggi dibanding ekspresi gen tersebut pada cv. IR64. Perbedaan ekspresi tersebut kemungkinan terjadi karena perbedaan sekuen promotor. Penelitian ini bertujuan menganalisis perbedaan sekuen promotor gen B11 pada padi cv. Hawara Bunar dan IR64, serta mengklon promotor ke vektor ekspresi pMDC107 yang membawa gen reporter green fluorescence protein (GFP). Metode penelitian ini meliputi analisis bioinformatika dari sekuen promotor, kloning promotor ke pMDC107, transformasi ke E.coli TOP10 dengan pMDC107 rekombinan, serta verifikasi sisipan promotor pada pMDC107 rekombinan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa promotor B11 telah berhasil diklon ke dalam vektor pMDC107. Sekuen promotor gen B11 dari padi cv. Hawara Bunar berbeda pada 15 single nucleotide polimorphisms (SNPs) dengan sekuen promotor gen B11 dari cv. IR64. Promotor gen B11 dari cv. Hawara Bunar memiliki lebih banyak motif yang berkaitan dengan cekaman abiotik dan patogen dibandingkan dengan promotor gen B11 dari cv. IR64. Perbedaan sekuen promotor tersebut berkaitan dengan perbedaan ekspresi gen B11 pada kedua kultivar tersebut.