Analisis Keragaman Genetik Padi Asal Korea Selatan Menggunakan Marka Molekuler Simple Sequence Repeat (SSR)

Abstract

Diversitas genetik aksesi padi asal Korea Selatan saat ini sangat rendah. Dalam usaha meningkatkan keragaman genetik telah dilakukan introduksi tanaman padi asal Korea Selatan di BB Biogen. Tujuan dari penelitian ini untuk mengidentifikasi diversitas genetik dan tingkat polimorfisme berdasarkan marka SSR padi introduksi asal Korea Selatan. DNA dianalisis menggunakan 13 marka SSR. Dendrogram kekerabatan dikonstruksi menggunakan metode Unweighted Pair Group Method Arithmetic (UPGMA) melalui software NTSYS-pc (Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System) versi 2.1-pc. Hasil penelitian menunjukkan nilai rataan polimorfisme information content (PIC) marka SSR tinggi sebesar 0.67 (berkisar 0.61-0.75). Jumlah alel yang terdeteksi per marka SSR berkisar antara 4-6 alel per lokus SSR (rata-rata 4.8). Analisis filogenetik 96 aksesi menghasilkan dua kelompok besar pada koefisien kemiripan genetik 0.706. Aksesi dengan diversitas genetik tinggi dan berada pada kelompok berbeda, potensial digunakan sebagai calon tetua dalam program pemuliaan tanaman padi.