Please use this identifier to cite or link to this item:
http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/143697
Title: | Prediksi Interaksi Drug Target Pada Gen Kanker Menggunakan Metode LASSO-XGBOOST |
Authors: | Kusuma, Wisnu Ananta Mushthofa Ginoga, Muh. Fadhil Al-Haaq |
Issue Date: | 2024 |
Publisher: | IPB University |
Abstract: | Pengobatan kanker saat ini sering dilakukan dengan kemoterapi menggunakan obat kimia dan dapat menyebabkan efek samping. Alternatif pengobatan dapat menggunakan senyawa herbal yang diketahui memiliki efek samping lebih sedikit. Analisis Drug Target Interaction (DTI) dapat dilakukan untuk mengetahui interaksi senyawa herbal terhadap protein kanker. Pada penelitian ini dilakukan perancangan model prediksi DTI dengan melakukan seleksi fitur pada dataset menggunakan Least Absolute Shrinkage and Selection Operator (LASSO) lalu dilakukan penyeimbangan data dengan Synthetic Minority Oversampling Technique (SMOTE) dan diprediksi menggunakan Extreme Gradient Boosting (XGBoost). Data protein terkait kanker didapatkan dari daftar Cancer Gene Census, dari daftar tersebut dilakukan penelusuran pada database GDSC, DrugCentral, dan DrugBank untuk menghasilkan daftar senyawa obat yang berinteraksi dengan protein tersebut. Selain itu, senyawa herbal dihasilkan dari database HerbalDB dan Knapsack. Pengujian dilakukan pada beberapa jenis ekstraksi fitur seperti CTD, DC, PseAAC, dan PSSM. Hasil prediksi menunjukkan beberapa senyawa herbal seperti andrographolide, ursolic acid dan oleanolic acid memiliki interaksi pada protein terkait kanker. Selain itu, LASSO-XGBoost dapat memprediksi DTI pada kanker dengan skor F1 0,861; AUROC 0,927; recall 0,85; precision 0,866; dan accuracy 0,897. |
URI: | http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/143697 |
Appears in Collections: | MT - Mathematics and Natural Science |
Files in This Item:
File | Description | Size | Format | |
---|---|---|---|---|
Cover_Ginoga.pdf | Cover | 387.69 kB | Adobe PDF | View/Open |
MFAH_Ginoga.pdf Restricted Access | Fulltext | 6.96 MB | Adobe PDF | View/Open |
Lampiran_Ginoga.pdf Restricted Access | Lampiran | 506.65 kB | Adobe PDF | View/Open |
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.