Variasi alel DNA mikrosatelit pada lokus CSN3 dan ETH225 pada sapi fries holland (FH) di BPTU Sapi Perah Baturraden

Abstract

Produksi susu sapi perah dipengaruhi oleh kemampuan genetik, lingkungan dan interaksi antara genetik dan lingkungannya. Pemuliaan sangat penting diperhatikan untuk memperbaiki mutu genetik ternak. Pemetaan gen pada genom sapi dapat dipakai sebagai penciri genetik untuk menyeleksi sifat-sifat produksi. Mikrosatelit DNA merupakan salah satu penciri genetik yang sudah diaplikasi secara luas untuk mengidentifikasi sejumlah sifat dengan nilai ekonomis tinggi. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan informasi variasi alel DNA mikrosatelit pada lokus CSN3 dan ETH225 pada sapi perah Fries Holland (FH) di BPTU (Balai Penelitian Ternak Unggul) Baturraden. Sepasang primer digunakan untuk mengamplifikasi lokus CSN3 dan ETH225 menggunakan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction). Produk yang sudah diamplifikasi dapat divisualisasikan dengan gel poliakrilamida 5% dan dilanjutkan dengan perwarnaan perak (silver staining). Lokus ETH225 dan CSN3 masing-masing memiliki empat alel yaitu A, B, C dan D. Genotipe pada lokus CSN3 yaitu AB, AC, AD dan BD, dan frekuensi genotipe tertinggi yaitu 56,98% untuk genotipe AD dan terendah sebesar 4,65% untuk genotipe AB, sedangkan frekuensi alel tertinggi yaitu alel D sebesar 44,19% dan alel A sebesar 34,30%. Genotipe pada lokus ETH225 yaitu AB, AC dan BD, dan frekuensi genotipe tertinggi sebesar 60,60% untuk genotipe BD dan genotipe terendah AC sebesar 13,13%, sedangkan frekuensi alel tertinggi 43,43% alel B dan 30,30% alel D. Genotipe untuk lokus CSN3 pada EBV tinggi dan sedang yaitu AB, AC, AD, BD sedangkan pada EBV rendah tiga macam genotipe yaitu AB, AD dan BD. Pada lokus CSN3 nilai EBV tinggi, alel yang banyak muncul alel A dan EBV rendah alel yang banyak muncul alel D. Genotipe pada lokus ETH225 untuk EBV tinggi, sedang, rendah yaitu AB, AC dan BD. Frekuensi alel tertinggi pada lokus ETH225 berdasarkan nilai EBV tinggi, sedang dan rendah, yaitu alel B dan alel D. Hasil uji Khi-Kuadrat menunjukan bahwa hubungan antara frekuensi alel dan genotipe tidak berbeda nyata (P>0,05) terhadap nilai pemuliaan tertaksir (tinggi, sedang dan rendah). Kedua penanda genetik pada lokus CSN3 dan ETH225 belum dapat menggambarkan keterkaitan secara langsung pada EBV produksi susu. Lokus CSN3 mempunyai nilai heterozigositas 0,657 dan pada lokus ETH225 0, 679. Rata-rata heterozigositas (H) pada penelitian ini 0,668. Hal ini berarti sapi FH di BPTU Baturraden memiliki keragaman tinggi…dst