Keragaman genetik cendawan Pyricularia grisea berdasarkan primer spesifik gen virulensi (E10, JI6-0.7, dan JI6-0.9)

Abstract

Penyakit blas yang disebabkan oleh cendawan Pyricularia grisea merupakan salah satu penyakit penting yang perlu mendapat perhatian. Informasi tentang keragaman genetik serta struktur populasi cendawan ini di lapangan akan sangat membantu pemulia dalam menentukan inang yang sesuai. Untuk mengetahui keragaman genetik cendawan penyebab penyakit blas, dianalisis sekuen DNA yang spesifik yang berhubungan dengan virulensi dari patogen, yaitu gen AvrKu86-1, Avrirat7-1, dan satu fragmen DNA yang belum teridentifikasikan dari daerah endemik blas yaitu Lampung, Sukabumi, Bogor, Sumatera Utara, dan Sumatera Barat. Identifikasi dilakukan dengan Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan sepasang primer spesifik yang berhubungan dengan gen virulensi, yaitu: E10 (AvrKu86-1), J16-07 (Avrirat7-1), dan J16-09 (gen yang belum diidentifikasi). Sebanyak 7 haplotipe ditemukan dari 230 isolat yang diuji, A-000, B- 001 C-011, D-111, F-110 G-100, H-101 dengan frekuensi haplotipe tertinggi adalah G-100 (44.3%) dan D-111 (29.6%). Berdasarkan lokasi ditemukan ada 7 haplotipe di Lampung dengan frekuensi dominan adalah haplotipe D-111. Sedangkan di Sukabumi ditemukan 6 haplotipe dengan haplotipe G-100 yang dominan. Frekuensi E10 (AvrKu86-1) ditemukan dominan pada semua lokasi asal isolat.