Analisis Shotgun Metagenomic Mikrobioma Sistem Pencernaan Burung Cendrawasih di Regio Dataran Rendah Barat Laut Pulau Papua

Abstract

Mikrobioma saluran pencernaan burung, termasuk burung cendrawasih, spesies endemis di Pulau Papua dan Maluku penting di pahami mekanismenya. Penelitian sebelumnya lebih banyak fokus pada aspek eksternal dan perilaku, sedangkan pemahaman tentang mikroorganisme yang hidup di dalam saluran pencernaan burung ini masih terbatas. Mikrobioma tersebut memiliki peran vital dalam kesehatan dan fisiologi burung cendrawasih. Penelitian ini menggunakan metode shotgun metagenomic untuk menganalisis DNA mikrobiota dalam feses burung, memberikan gambaran mendalam tentang keanekaragaman dan dinamika mikrobioma tersebut. Tujuan penelitian ini untuk mengidentifikasi dan menganalisis komposisi mikrobioma saluran pencernaan burung cendrawasih, mengkarakterisasi secara mendalam mikrobioma saluran pencernaan burung cendrawasih dalam habitat alaminya dan interaksi antara mikrobioma serta dampaknya terhadap kesehatan dan fisiologi burung. Sampel feses dikumpulkan dari Papua, Indonesia. Tahap awal yang dilakukan adalah ekstraksi DNA dengan menggunakan DNeasy PowerSoil Pro Kit. Selanjutnya, proses sekuensing metagenomik shotgun dari platform MGI DNBSEQ-G400 dilakukan untuk mendapatkan data sekuen DNA dari gen-gen yang ada di dalam sampel. Data sekuen DNA yang dihasilkan kemudian dianalisis menggunakan perangkat lunak MEGAN6 dengan menggunakan basis data SEED dan KEGG. Mikrobioma di saluran pencernaan burung cendrawasih didominasi oleh filum Proteobacter, Bacteroidetes, dan Firmicutes dengan spesies seperti Flavobacterium sp. dan Bacillus pumilus paling sering dikarakterisasi. Beberapa spesies baru yang ditemukan bisa menjadi standar analisis untuk burung cendrawasih yang akan dilepaskan kembali ke alam liar. Terdapat interaksi antara anotasi fungsional dengan kelimpahan mikrobiota secara menyeluruh tanpa didominasi oleh satu spesies dalam mikrobiom saluran pencernaan burung cendrawasih. Fungsi tertinggi adalah metabolisme asam amino dan turunannya; dan metabolisme karbohidrat.