Asosiasi Genetik dan Ekspresi Gen Mioglobin Terkait Kadar Mineral pada Ayam IPB-D2

Abstract

Gen mioglobin (MB) mengkode protein mioglobin, protein yang ditemukan dalam jaringan otot, berfungsi untuk mengikat dan menyimpan oksigen. Mioglobin tidak hanya diekspresikan pada otot rangka dan jantung, tetapi juga diekspresikan pada sel endotel dan jaringan lain seperti otak dan hati. Mineral secara umumnya bertanggung jawab atas berbagai reaksi biokimia dan fungsi fisiologis dalam tubuh. Mineral mendorong pertumbuhan, reproduksi, dan produksi ternak secara optimal. Mineral yang dianalisis pada penelitian ini adalah Fe, Se, Zn, dan Mn. Mineralmineral ini memiliki fungsi antioksidan. Ayam IPB-D1 merupakan ayam pedaging lokal ras komposit yang dikembangkan oleh Fakultas Peternakan Institut Pertanian Bogor. Keunggulan ayam persilangan baru ini adalah pertumbuhannya yang cepat, kualitas daging yang tinggi, serta ketahanan terhadap penyakit khususnya Newcastle Disease (ND) dan Salmonella sp. Ayam IPB-D2 merupakan hasil seleksi ayam IPB-D1 generasi ke-9 yang diseleksi dengan kadar IgY di atas 10 mg mL -1 dalam serum darahnya. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis polimorfisme gen MB pada ayam, mengkaji asosiasinya dengan kandungan mineral daging, dan menganalisis ekspresinya pada jaringan otot hati dan paha ayam IPB-D2. Sebanyak 55 ekor ayam jantan IPB-D2 berusia 10-12 minggu digunakan dalam penelitian ini. Identifikasi polimorfisme gen, kuantifikasi kandungan mineral, dan ekspresi gen dilakukan masing-masing menggunakan metode direct sequencing, metode Atomic Absorption Spectroscopy (AAS), dan qRT-PCR. Jaringan otot paha dan hati digunakan sebagai sumber mRNA dalam penelitian ini. Metode analisis statistik yang digunakan adalah uji chi-square untuk menguji kesetimbangan HardyWeinberg, dan uji T untuk analisis asosiasi mineral dan analisis ekspresi gen. Daging paha ayam IPB-D2 rata-rata mengandung mineral Fe, Se, Zn, dan Mn sebesar 17,81; 0,22; 16,50; 0,34 mg kg-1 . Dari hasil sequensing ditemukan dua SNP pada 5'UTR gen MB ayam IPB-D2, yaitu SNP g.17 G>T dan SNP g.25 T>C. Genotipe TT (g.17 G>T) dan genotipe CC (g.25 T>C) berasosiasi nyata (P<0,05) dengan kandungan Fe tinggi pada ayam IPB-D2. Analisis ekspresi gen menunjukkan bahwa ekspresi gen MB di hati tidak berbeda secara statistik antara kombinasi genotipe GG/TT, GT/TC, dan TT/CC. Sedangkan pada otot paha, ekspresi gen MB pada kombinasi genotipe TT/CC lebih tinggi signifikan (P<0,05) dibandingkan kombinasi genotipe GG/TT dan GT/TC. Hasil ini menunjukkan bahwa polimorfisme yang teridentifikasi pada gen MB IPB-D2 dapat menjadi referensi untuk menyelidiki gen serupa pada rasa ayam lain, khususnya terkait kandungan mineral Fe, Se, Zn, dan Mn.