Analisis keragaman fragmen D-loop genom mitokondria anoa (bubalus spp.) dengan enzim restriksi (RFLP)

Abstract

Informasi mengenai variasi yang ada pada anoa sangat penting dalam penentuan taksonomi anoa yang sampai saat ini masih diperdebatkan. Meskipun demikian, diyakini terdapat dua golongan anoa, yaitu anoa dataran rendah dan anoa dataran tinggi. Namun karakteristik genetik untuk kedua anoa tersebut belum diketahui dengan jelas. Teknik Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) digunakan untuk mendeteksi variasi pada sepuluh sampel anoa yang berasal dari Taman Safari Bogor (lima ekor), Kebun Binatang Ragunan (dua ekor) dan Kebun Binatang Surabaya (tiga ekor). Polimorfisme fragmen didapat dari fragmen hasil amplifikasi sekuen DNA mitokondria melalui Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer spesifik L15926 dan H00651. Hasil amplifikasi yang mengandung fragmen D-loop tersebut, kemudian dipotong dengan enzim restriksi Alu I, Hpa II dan Rsa 1. Amplifikasi tersebut memberikan hasil yang sangat bervariasi. Panjang fragmen teramplifikasi berkisar antara 1250 bp hingga 1350 bp. Sedangkan panjang sekuen D-loopnya saja adalah 1047 bp hingga 1147 bp. Hasil pemotongan fragmen teramplifikasi dengan tiap-tiap enzim restriksi menunjukkan terdapatnya variasi, dengan kemungkinan tumpuan variasi tersebut terdapat pada sekuen D-loop. Penggolongan haplotipe untuk tiap-tiap enzim restriksi juga berbeda. Pemotongan fragmen teramplifikasi dengan ketiga enzim restriksi tersebut menghasilkan tujuh haplotipe dari sepuluh sampel anoa.