Penentuan Keragaman Gen FREM2 dan Asosiasi terhadap Kualitas Daging pada Sapi Bali Menggunakan Citra Ultrasonografi

Abstract

Sapi Bali adalah salah satu plasma nutfah yang berasal dari pulau Bali dan diakui oleh FAO sebagai bangsa sapi Indonesia melalui Keputusan Menteri Pertanian Nomor: 325/Kpts/OT.140/1/2010 dengan penyebaran populasi di seluruh wilayah Indonesia. Sapi Bali merupakan salah satu sapi pedaging asli Indonesia yang memiliki keanekaragaman tinggi dan sebagai sumber daya genetik ternak asli Indonesia. Gen FREM2 adalah salah satu gen yang bertanggung jawab mengontrol kualitas daging pada sapi. Tujuan dari penelitian ini adalah menentukan keragaman gen FREM2 dan asosiasi terhadap kualitas daging pada sapi Bali menggunakan citra ultrasonografi. Total ternak yang digunakan sebanyak 93 ekor, 55 ekor berasal dari RPH Banjarmasin, Kalimantan Selatan, Indonesia, 28 ekor bearsal dari Pusat Pembibitan Sapi Bali di Provinsi Bali dan 10 ekor berasal dari UPTD Kabupaten Kupang, NTT Indonesia. Identifikasi SNP gen FREM2 dilakukan dengan teknik sekuensing, kemudian dilanjutkan dengan teknik PCR-RFLP untuk mendapatkan keragaman. Keragaman gen FREM2 dianalisis dengan program Bioedit dan PopGen 1.32 Asosiasi SNP gen FREM2 dengan karakteristik karkas dan daging dianalisis menggunakan metode General Linier Model (GLM) menggunakan program SPSS software versi 22. Karakteristik karkas (longissimus dorsi; tebal lemak punggung) dan daging (lemak intramuskular; skor marbling) diidentifikasi secara non-invasif dengan menggunakan citra ultrasonografi, selanjutnya dianalisis dengan software Image-J NIH. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ditemukan SNP g.89327G>A di ekson 6 gen FREM2 dan tidak merubah asam amino (proline→proline) pada sapi Bali. Hasil genotiping dengan teknik PCR-RFLP SNP g.89327G>A gen FREM2|BccI memiliki keragaman tinggi yaitu alel A dan G masing-masing 0.747 dan 0.253. Keragaman SNP g.89327G>A berasosiasi nyata (P<0.05) dengan tebal longissimus dorsi (LDT), sedangkan tebal lemak punggung (BFT), lemak intramuskular (IMF) dan skor marling (MS) tidak berbeda. Dengan demikian, SNP g.89327G>A di ekson 6 gen FREM2 dapat dijadikan sebagai kandidat marka genetik kualitas karkas pada sapi Bali