Identifikasi molekuler dan keragaman genetik mikroalga dari genus Chlorella di Indonesia

Abstract

Chlorella merupakan salah satu genus mikroalga yang penyebarannya luas di perairan laut Indonesia dan telah diolah menjadi berbagai bioproduk. Namun, informasi spesies dan keragaman genetik Chlorella di Indonesia belum banyak diteliti. Sementara informasi ini diperlukan dalam inventarisasi potensi dan keanekaragaman hayati laut. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi spesies mikroalga berdasarkan teknik molekuler, merekonstruksi pohon filogenetik, dan menguji keragaman genetik mikroalga genus Chlorella dari enam populasi di Indonesia (Lampung, Ancol, Tanjung Priok, Cilacap, Makassar, dan Bitung). Penandaan DNA dilakukan dengan menggunakan marka genom kloroplas lokus 16S rRNA yang digunakan untuk amplifikasi DNA. Analisis data hasil sekuensing DNA diolah dengan perangkat lunak MEGA 6.06 dan DNA SP. Spesies sampel dari enam populasi teridentifikasi sebagai Chlorella kessleri dengan tingkat kemiripan 95% berdasarkan analisis BLAST. Keragaman genetik sampel antarpopulasi tidak begitu berbeda dengan melihat komposisi basa nukelotidanya. Nilai keragaman genetik Chlorella kessleri di Indonesia sebagai satu populasi terdiri atas keragaman haplotipe (Hd) sebesar 0.933 dan keragaman nukleotida (π) sebesar 0.151. Nilai Hd populasi Indonesia ini tergolong tinggi.