Analisis Keragaman Geminivirus Berdasarkan Restriction Fragment Length Plymorphism

Abstract

Geminivirus merupakan salah satu kelompok patogen utama yang menyerang tanaman budidaya dan menimbulkan kerusakan terutama di daerah tropik dan · subtropik. Anggota geminivirus cukup ban.yak dan mereka dikelompokkan berdasarkan struktur genom, tanaman inang, dan serangga vektomya. Penelitian ini bertujuan mempelajari keragaman . dan hubungan kekerabatan beberapa isolat geminivirus yang menginfeksi tanaman tom.at, cabai, tembakau, dan babadotan berdasarkan pola fragmen DNA hasil restriction fragment length polymorphism (RFLP). Isolat geminivirus yang digu.nakan untuk analisis keragaman geminivirus adalah isolat tomat-Darmaga dan babadotan-Darmaga yang berasal dari tanaman yang terinfeksi di lapangan, isolat cabai-Segunuug, dfill tembakau-Jember yang berasal dari klon DNA. Isolat-isolat yang berasal dari lapangan tersebut diekstraksi dengan menggunakan bufer Dellaporta. PCR dilakukan dengan menggunakan sepasang primer universal PAV 1978 dan PAC 715. Metode RFLP dilakukan dengan menggunakan empat macam enzim restriksi endonuklease, yaitu BamHI, EcoRI, Hindi.II, dan Pstl. Untuk. mengamati keragaman yang lebih tinggi disertakan rujukan isolat geminiviruS cabai•Segunung yang dikoleksi tahun 2001. Hasil tersebut digunakan untuk analisis hubungan kekerabatan dengan program NTSYSpc. Uji PCR dengan primer universal berhasil mengamplifikasi semua isolat geminivirus yang diuji clan ukuran fragmen yang dihasilkan melalui PCR adalah 1,6-1,65 kb. Pola fragmen DNA hasil RFLP menunjukkan bahwa virus isolat tomat-Darmaga, virus isolat cabai-Segunwig, dan virus isolat ternbakau-Jember merupakan isolat yang berbeda, setfangkan hasil RFLP untuk isolat babadotanDarmaga tidak dapat tervisualisasi dengan baik. Dua isolat geminivirus cabai yang berasal dari Segunung merupakan dua isolat yang berbeda karena memiliki pola sidikjari DNA yang berbeda. Dendogram hasil analisis dengan NTSYSpc menunjukkan keragaman geminivirus yang cukup tinggi di Indonesia. Hal tersebut ditunjukkan dengan koefisien kesamaan yang berkisar 30%-86%.