Analisis molekul DNA berukuran besar pada kedelai (Glycine max (L) Merrill) dengan pulsed field gel elektroforesis (PFGE)

Abstract

Perbaikan tanaman kedelai melalui teknik DNA rekombinan merupakan salah satu langkah yang dapat digunakan untuk membantu perakitan varietas secara konvensional. Di Indonesia hal ini belum banyak digunakan, oleh karena itu perlu dikembangkan. Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) merupakan salah satu alat bantu yang dapat digunakan pada pemetaan genom yang berukuran besar. PFGE telah banyak dimanfaatkan bagi pemetaan genom eukariot tingkat rendah seperti khamir, sedangkan pada tanaman pemanfaatannya baru dimulai sekitar tahun 1990. Atas dasar masalah te rsebut, maka penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk: a) mendapatkan metode standar untuk mendapatkan isolasi DNA genom utuh, b) pemisahan DNA dengan bantuan PFGE dan c) teknik hibridisasi Southern untuk DNA berukuran besar. Isolasi DNA genom kedelai dengan ca ra menjerap protoplas ke dalam matrik agar dapat menghasilkan DNA yang kurang lebih utuh berukuran lebih besar dari 5 Mpb Protoplas diisolasi dari kotiledon polong muda yang berumur 18 -38 HSP (hari sesudah penyerbukan) dengan menggunakan larutan osmolitikum CPW (Dhir et al., l99li yang mengandung sukrosa 14 % (b/v) serta enzim selulase Onosuka RIO 1.5 % (b/v) dan maserozim 0.7 % (b/v). Larutan osmolitikum memiliki nilai potensial osmotik sebesar -1.37 Mpa serta dengan penambahan EDTA sebesar 0.01 M mampu menghasilkan DNA yang berukuran besar dan baik. Evaluasi pemisahan DNA genom dengan menggunakan enzim restriksi NotI, SmaI dan SfiI menghasilkan potongan DNA yang berukuran sedikitnya 1410 Kpb (tanpa transformasi statistik) dan 1610 Kpb (dengan transformasi statistik) untuk enzim restriksi NotI dan SfiI. Dari hasil pemetaan dengan menggunakan pelacak pSRS 0.8 dari gen ribulosa bisfosfat karboksilase/oksigenase belum memperlihatkan sinyal hibridisasi dengan baik. Walaupun demikian pada analisis homologi DNA pelacak dengan DNA genom kedelai menggunakan mini gel elektroforesis memperlihatkan adanya sinyal hibridisasi. Hal ini memberi suatu peluang bahwa pelacak pSRS0. 8 dapat digunakan pada pemetaan genom kedelai.