Aplikasi DNA Barcoding untuk Identifikasi Beberapa Spesies Hoya Indonesia

Abstract

Hoya menghadapi kendala tumpang tindih karakterisasi yang berpotensi menyebabkan kegagalan identifikasi dan klasifikasinya. Penurunan keragaman hayati di dunia, termasuk Indonesia, membutuhkan teknik identifikasi yang tepat dan membutuhkan waktu lebih singkat. Saat ini penanda barcode ITS, matK, rbcL, dan trnH-psbA telah banyak digunakan untuk barcoding tanaman. Pada prosesnya, dibutuhkan tahap optimasi untuk menentukan suhu amplifikasi optimal setiap primer. Penelitian ini bertujuan mengoptimasi suhu amplifikasi dan membandingkan performa barcode ITS, matK, rbcL, dan trnH-psbA, serta mendeliniasi identitas beberapa Hoya menggunakan DNA barcoding. Hasil optimasi menunjukkan suhu annealing optimal sebesar; 56 ॰C (ITS), 50 ॰C (matK), dan 60 ॰C (rbcL dan trnH-psbA). Sequencing dilakukan menggunakan metode Oxford Nanopore Sequencing. Amplifikasi menunjukkan tingkat keberhasilan sebesar; 83,3% (ITS), 66,67% (matK), 91,67% (rbcL), dan 95,83% (trnH-psbA). Semua sampel berhasil diidentifikasi pada tingkat genus tetapi tidak berhasil pada tingkat spesies. Hasil analisis filogeni menunjukkan ITS memiliki kemampuan diskriminasi yang baik pada tingkat spesies. Perlu dilakukan pengisian data dalam Genebank. Morfologi tanaman sampel perlu dibandingkan dengan tanaman hasil identifikasi untuk validasi.