Phylogeny and Genetic Diversity of Indonesian Local Sheep Based on Mitochondrial DNA Control Region and SRY Gene

Abstract

Sebagai negara kepulauan, Indonesia memiliki beragam domba lokal. Domba lokal yang paling dikenal oleh masyarakat adalah domba Ekor Gemuk, domba Ekor Tipis, dan domba Garut. Studi genetik untuk menggolongkan domba lokal Indonesia belum banyak dilakukan. Studi genetik perlu dilakukan untuk menentukan identitas, hubungan genetik, dan keragaman domba lokal. Selain itu, data hasil studi genetik dapat dijadikan pertimbangan dalam rencana pengelolaan ternak. Penanda molekuler yang sering digunakan untuk analisis hubungan genetik adalah DNA mitokondria dan kromosom Y. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan filogeni dan asal-usul domba Garut tipe tangkas (GAF), domba Garut tipe pedaging (GAM) dan domba Ekor Gemuk Indonesia (IFT) secara maternal dan paternal dengan penanda genetik. Keragaman genetik tertinggi ditemukan pada analisis 427 pb sekuen DNA mitokondria, namun tidak ditemukan adanya keragaman genetik pada 732 pb sekuen gen SRY. Berdasarkan sekuen DNA mitokondria, jarak genetik di dalam populasi GAF, GAM, dan IFT masingmasing adalah 0,0370, 0,0424 dan 0,0105. Jumlah haplotipe DNA mitokondria yang ditemukan sebanyak 28 haplotipe. Penelitian ini juga telah mengidentifikasi dua tipe yang menjadi moyang domba di Indonesia yaitu tipe A dan tipe B. Tipe A adalah tipe Asia yang banyak ditemukan pada populasi domba di daratan Asia, sedangkan tipe B merupakan tipe Eropa yang banyak ditemukan pada populasi domba di Eropa.