Karakterisasi Isolat Pyricularia oryzae (Cavara) dengan Marka Mikrosatelit dan Analisis Fenotipe pada Varietas Diferensial Indonesia

Abstract

Karakterisasi isolat Pyricularia oryzae Cavara diperlukan untuk mengetahui keragaman genetik P. oryzae, yang dilakukan dengan pengujian secara fenotipe dan genotipe. Keragaman genetik 100 isolat P. oryzae dari empat lokasi berbeda diidentifikasi melalui pengamatan infeksi serangan blas, terhadap varietas diferensial Indonesia, serta pengujian menggunakan marka molekuler. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis fenotipe keragaman ras 100 isolat P. oryzae terhadap satu set varietas diferensial Indonesia, dan mengkaji genotipe 100 isolat P. oryzae dari empat daerah berbeda (Sukabumi, Lampung, Jasinga, dan Sitiung), dengan menggunakan dua primer SSR blas (pryms 83-84 dan pryms 657-658). Sampel DNA 100 isolat P.oryzae diamplifikasi dengan menggunakan dua primer SSR blas (Pryms 83-84 dan pryms 657-658). Produk PCR diseparasi menggunakan 8 % elektroforesis gel poliakrilamid (PAGE 8 %). Semua pita DNA dengan laju migrasi yang sama diasumsikan sebagai lokus yang homolog. Profil data yang diperoleh diterjemahkan ke dalam data biner, dengan ketentuan nilai skor nol (0) untuk tidak terdapat pita DNA, dan nilai skor satu (1) untuk terdapatnya pita DNA pada satu posisi yang sama, dari beberapa isolat yang diperbandingkan. Kekerabatan genetik isolat P. oryzae dinilai dari posisi isolat pada dendogram, yang dihasilkan dari analisis data biner pada program Numerical Taxonomy System (NTSys). Melalui pengelompokan SAHN, data matrix selanjutnya dikelompokkan menurut metode UPGMA (Bustamam 2004). Hasil uji fenotipe 100 isolat terhadap satu set varietas diperoleh 19 ras berbeda, dimana ras 001 merupakan ras utama dan terdapat di empat lokasi berbeda (Lampung, Sukabumi, Jasinga, dan Sitiung), dengan frekuensi sebesar 35 % dengan jumlah isolat sebanyak 35 isolat. Diperoleh pula beberapa ras spesifik lokasi yaitu ras 021, 023, 033, dan 103 di lokasi Sitiung ; ras 153, 235, dan ras 313 di lokasi Sukabumi ; serta ras 060, 061, dan ras 101 spesifik lokasi Jasinga. Ras-ras tersebut bersifat spesifik lokasi mungkin, karena adanya perbedaan faktor lingkungan, keragaman varietas yang digunakan, dan faktor genetik cendawan blas Uji fenotipe terhadap 100 isolat blas pada satu set varietas diferensial Indonesia, diketahui varietas Asahan dan IR64 merupakan varietas paling tahan (T), karena hanya menunjukkan gejala penyakit blas terhadap 4 isolat. Krueng Aceh (12 isolat), Cisokan (23 isolat), Cisanggarung (33 isolat), Cisadane (38 isolat), dan Kencana Bali (86 isolat). Perbedaan reaksi ketahanan varietas diferensial Indonesia, menunjukkan bahwa tingkat virulensi suatu isolat sangat beragam, tergantung varietas yang diserangnya. Hal ini diduga di pengaruhi oleh kemampuan daya tahan tanaman, yang diatur oleh sifat (gen penyandi) ketahanan varietas yang berbeda-beda pula. Uji genotipe terhadap 100 isolat blas diperoleh dendogram yang tergabung menjadi dua kelompok (lineage) pada tingkat kemiripan 56 %. Setelah dilakukan..dst