Karakteristik Gen Cytochrome Oxidase subunit I (COI) Parsial pada Amfibi (Famili: Ranidae) di Kampus IPB Dramaga sebagai Dasar Konservasi Genetik

Abstract

Amfibi memiliki sensitivitas metamorfosis yang tinggi terhadap kualitas suatu perairan di habitatnya, sehingga menjadikan amfibi sebagai organisme bioindikator dari suatu perairan. Data molekuler suatu organisme sangat dibutuhkan sebagai dasar penentuan upaya pelestarian spesies khususnya pada aspek konservasi genetik. Tujuan penelitian ini untuk mengkarakterisasi susunan basa nukleotida dan menganalisis hubungan kekerabatan antar-spesies dari famili Ranidae asal IPB University berdasarkan gen COI. Sampel penelitian terdiri dari tiga spesies famili Ranidae di IPB University. Urutan basa Ranidae didapatkan melalui tahapan ekstrasi DNA, amplifikasi, dan sekuensing. Urutan basa yang telah disejajarkan dengan sekuen jenis lain kemudian dianalisis untuk menghasilkan informasi berupa: karakteristik genetik, jarak genetik, hubungan kekerabatan, keragaman haplotype, dan jarak berpasangan (Fst). Hasil penelitian menjelaskan bahwa tiga spesies famili Ranidae di IPB University terpisahkan secara jelas dan memiliki hubungan dekat berdasarkan jarak genetik dan pohon filogenetika dengan dua situs spesifik bersifat konservatif.