Tinjauan Status Taksonomi Mangifera kemanga Blume di Indonesia

Abstract

Mangifera kemanga Blume merupakan salah satu jenis buah tropika kerabat mangga dari suku Anacardiaceae yang mulai langka di Indonesia. Secara taksonomi, status jenis M. kemanga masih perlu untuk ditinjau. Sejak M. kemanga pertama kali dipublikasi sebagai jenis dari suku Anacardiaceae, kedudukannya sebagai jenis diperselisihkan. Beberapa peneliti menetapkan M. kemanga sebagai varietas dari Mangifera caesia Jack berdasarkan data ciri morfologi. Penentuan status taksonomi hanya berdasarkan ciri morfologi tersebut menyebabkan status taksonomi M. kemanga masih diperdebatkan. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan meninjau status taksonomi M. kemanga dan hubungannya dengan M. caesia menggunakan pendekatan morfologi dan molekuler. Penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi mengenai status taksonomi yang tepat dari M. kemanga berdasarkan pendekatan karakter morfologi dan penanda molekuler. Selain itu, data penelitian ini diharapkan dapat digunakan untuk keperluan penelitian lebih lanjut terutama dalam mengembangkan pemanfaatan plasma nutfah M. kemanga dan M. caesia. Aksesi M. kemanga dan M. caesia yang diamati dikoleksi dari Pulau Sumatra (Riau, Jambi, Sumatra Selatan, dan Kepulauan Bangka Belitung), Jawa (Bogor), Kalimantan (Kalimantan Timur dan Kalimantan Selatan), dan Bali (Tabanan). Koleksi sampel dilakukan dengan metode jelajah. Dua macam sampel dikoleksi di lapangan, yaitu sampel untuk pengamatan ciri morfologi dan sampel berupa daun segar untuk analisis molekuler. Pengamatan ciri morfologi merujuk pada deskriptor mangga. Prosedur analisis molekuler meliputi empat tahap, yaitu isolasi DNA, amplifikasi, visualisasi DNA dan produk PCR, serta sekuensing. Isolasi DNA dilakukan berdasarkan protokol Geneaid Genomic DNA Mini Kit (Plant) pada 17 aksesi M. kemanga dan 10 aksesi M. caesia. Langkah-langkah isolasi DNA terdiri atas tahap disosiasi jaringan, lisis sel, pengikatan DNA, pencucian dan elusi DNA. DNA sampel diamplifikasi menggunakan sekuen cpDNA trnL-trnF intergenic spacer. Data ciri morfologi ditransformasi ke dalam bentuk data biner dan disusun membentuk matriks data. Skoring data morfologi merujuk pada deskriptor mangga. Matriks data digunakan untuk menghitung koefisien keserupaan simple matching (SM). Koefisien keserupaan SM digunakan untuk mengonstruksi dendrogram menggunakan analisis Sequential Agglomerative Hierarchial and Nested Clustering (SAHN) dengan metode Unweighted Pair Group Method with Arithmatic Average (UPGMA) pada program NTSys-PC versi 2.1.1a. Data morfologi dan sekuen DNA dianalisis hubungan kekerabatannya dengan cara disejajarkan dan dilakukan konstruksi pohon filogenetik berdasarkan metode Maximum Parsimony (MP) dan Neighbor-Joining (NJ) pada program PAUP versi 4.0a169 dan MEGA 11 versi 11.0.8. Pada pensejajaran sekuen, beberapa sekuen dari database GenBank National Center for Biotechnology Information (NCBI) dimasukkan sebagai grup dalam (ingroup) dan grup luar (outgroup). Analisis keragaman genetik menggunakan program DnaSP 6 versi 6.12.03. Pengelompokan aksesi M. kemanga dan M. caesia menggunakan analisis fenetik dan filogenetik menghasilkan pengelompokan yang tidak kongruen. Analisis fenetik berdasarkan ciri morfologi mengelompokkan aksesi M. kemanga berdasarkan asal wilayah geografis dan memisahkannya dari kelompok aksesi M. caesia. Berdasarkan analisis fenetik, seluruh aksesi membentuk dua kelompok (A dan B) dengan koefisien kemiripan 33–77%. Aksesi M. kemanga yang berasal dari Pulau Sumatra (Riau dan Aceh) dan Jawa (Bogor) termasuk ke dalam kelompok A. Sementara itu, aksesi M. caesia yang berasal dari Pulau Kalimantan (Kalimantan Selatan) dan Sumatra (Sumatra Selatan) menempati kelompok B. Hasil analisis filogeni Neighbor-Joining (NJ) juga menunjukkan pengelompokan yang serupa. Sementara itu, analisis filogenetik Maximum Parsimony (MP) berdasarkan ciri morfologi terhadap aksesi M. kemanga dan M. caesia menghasilkan pengelompokan yang tidak kongruen dengan hasil analisis filogenetik NJ maupun analisis fenetik. Pengelompokan filogenetik MP menggunakan ciri morfologi tidak memisahkan kedua taksa. Di sisi lain, status taksonomi M. kemanga dan M. caesia melalui pendekatan molekuler telah diungkapkan berdasarkan sekuen trnL-trnF intergenic spacer. Penelusuran BLAST mengonfirmasi identitas 27 sekuen sebagai sekuen marga Mangifera dan dibuktikan dengan tingkat keserupaan sekuen berdasarkan persentase query cover dan percent identity yang tertinggi. Nilai query cover tertinggi adalah 100% (M. foetida) dan yang terendah 84% (M. kemanga). Nilai percent identity tertinggi adalah 99,26% (M. kemanga) dan yang terendah 97.03% (M. foetida). Hasil analisis keragaman haplotype pada populasi M. kemanga dan M. caesia termasuk dalam kategori sedang-tinggi (0,5-1). Sementara itu, keragaman nukleotida seluruh populasi dari jenis M. kemanga dan M. caesia tergolong rendah (Pi< 0,1). Pohon filogenetik yang dibangun berdasarkan ciri molekuler memiliki consistency index (CI) 0,82, retention index (RI) 0,816, dan homoplasy index (HI) 0,179. Topologi kladogram yang terbentuk bersifat monofiletik dengan dua klada pada analisis Maximum Parsimony dan tujuh klada pada analisis Neighbor-Joining. Rekonstruksi pohon filogenetik menunjukkan aksesi M. kemanga dan M. caesia tidak dapat dipisahkan secara tegas pada kladogram dan tidak mendukung pengelompokan menggunakan ciri morfologi. Oleh karena itu, penelitian ini mendukung M. kemanga sebagai sinonim dari M. caesia. Mangifera kemanga Blume dapat diklasifikasikan sebagai varietas (intraspesies) dari M. caesia sensu lato, yaitu Mangifera caesia var. kemanga (Blume) Kostermans.