Autentikasi pada Produk Olahan Hasil Perikanan dengan Metode High Resolution Melting (HRM)qPCR

Abstract

Hiu dan pari dimanfaatkan sebagai bahan baku produk olahan hasil perikanan dapat menyebabkan berkurangnya populasi hiu yang kini rentan terhadap kepunahan. Saat ini hiu yang diperdagangkan berupa sirip, daging ikan asin dan rebus, olahan ikan hiu, minyak ikan dan sebagai pengganti pakan ternak yang sulit diidentifikasi dan autentikasi secara morfologi apakah boleh diperdagangkan atau tidak, sehingga perlu menggunakan metode molekuler yaitu DNA barcoding. Autentikasi spesies pada produk hiu dengan pendekatan molekuler perlu dilakukan untuk menelusuri pemanfaatan spesies yang terancam punah dalam produk hiu, baik segar maupun olahan untuk membantu menegakkan kebijakan yang telah dibuat dan ditetapkan. Salah satu metode DNA barcoding yang saat ini sedang dikembangkan adalah metode kombinasi High Resolution Melting (HRM)qPCR. Metode kombinasi High Resolution Melting (HRM)-qPCR dapat meningkatkan spesifisitas dengan biaya yang lebih rendah karena tidak ada analisis tambahan setelah proses PCR seperti elektroforesis gel. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengautentikasi spesies Alopias pelagicus dan Alopias superciliosus pada produk olahan sate ikan asap dan hiu dengan primer spesifik spesies yang telah dirancang untuk berbagai lokasi menggunakan metode kombinasi HRM-qPCR. Metode penelitian terdiri dari pengambilan sampel, desain primer, isolasi DNA, amplifikasi PCR, dan Real-time PCR HRM dengan marka molekuler NADH2, 12S rRNA dan COI. Spesies target dan non target dapat dibedakan dengan sebaran garis pada kurva leleh dan nilai Tm. Nilai Tm Sampel Alopias pelagicus dari daerah Aceh dengan marka NADH2 berkisar 77,286,3°C dan NADH2 untuk spesies Alopias superciliosus berkisar 80,5-98,2°C. Nilai Tm Alopias pelagicus dengan marka 12S rRNA berkisar 77,10−86,2 °C dan marka COI untuk Alopias superciliosus berkisar 60,22−73,21°C. Perbedaan nilai Tm disebabkan oleh adanya perbedaan susunan basa nukleotida pada setiap spesies. Primer spesifik Alopias pelagicus dan Alopias superciliosus diperoleh secara in silico dan memberikan akurasi serta dapat diterapkan untuk mengautentikasi produk olahan hiu secara cepat, tepat dan akurat. Hasil aplikasi HRM-qPCR pada produk olahan sate ikan asap dan hiu adalah bukan jenis Alopias pelagicus dan Alopias superciliosus.

Sharks as raw material for processed fishery products can lead to a reduction in shark populations that are vulnerable to extinction. Sharks traded in the form of fins, salted and boiled fish meat, processed shark fish, fish oil and as a substitute for animal feed is difficult to identify and morphologically authenticate to trade or not, so it is necessary to use a molecular method, namely DNA barcoding. Species authentication in shark products with a molecular approach needs to be done to trace the use of endangered species in shark products, both fresh and processed to help enforce policies that have been made and established. One of the DNA barcoding methods currently being developed is the High Resolution Melting (HRM)-qPCR combination method. The combination method of HRMqPCR can increase the specificity at a lower cost because there is no additional analysis after the PCR process such as gel electrophoresis. The purpose of this study was to authenticate the species Alopias pelagicus and Alopias superciliosus in processed products of smoked fish and shark satay with species-specific primers that have been designed for various locations using the HRM-qPCR combination method. The research method consisted of sample collection, primer design, DNA isolation, PCR amplification, and Real-time PCR with HRM with molecular markers NADH2, 12S rRNA and COI. Target and non-target species can be differently by the distribution of lines melt curve and the Tm value. The Tm values of Alopias pelagicus samples from the Aceh region with NADH2 marker ranged from 77.2-86.3°C and NADH2 for Alopias superciliosus species ranged from 80.5-98.2°C. The Tm values for Alopias pelagicus with 12S rRNA marker ranged from 77.10−86.2 °C and the COI marker for Alopias superciliosus ranged from 60.22−73.21°C. The difference in the value of Tm is caused by the difference in the nucleotide base arrangement in each species. The specific primers Alopias pelagicus and Alopias superciliosus were obtained in silico and provide accuracy and can be applied to authenticate processed shark products quickly, precisely and accurately. The results of the HRM-qPCR application on processed products of smoked fish and shark satay were not Alopias pelagicus and Alopias superciliosus species.